表象上差别不大，差别都在细微之处，金蝶界面更友好些，用友功能更成熟稳定些，用友财务软件连续18年市场占有率第一。
1、用友财务通和金蝶KIS产品功能对比数据库 ，财务通：MS-SQLSERVER大型数据库，海量数据，可以支持无限站点使用，金蝶KIS：ACCESS小型数据库，网络版财务通：支持网络用户不限站点安装、操作、查询，网络版可以不限制网络电脑安装台数，如网络三站点可以安装三台以上机器使用，操作、查询，如1、2、3台机器同时在使用总帐系统，其他机器可以操作、查询报表、固定资产等其他模块 网络版站点收站点数限制。
2、如网络三站点只能安装固定三台机器使用、操作、查询，基础版只有单机版，网络版必须是标准版，所有模块可以支持不同时间启用，模块之间有紧密关联、也可以单独使用，可以不关联金蝶KIS：只能安装网络站点数机器操作、查询，所有模快必须在同一时间启用，模块之间有先后次序，如固定资产不结帐不能进行总帐系统的结帐；迷你单机版可以组合成网络版欺骗客户，但实际标准版网络版站点不宜超过3站点，价格财务通标准版按模块选择配置总计价格，金蝶KIS标准必须选用全部模块；财务通基础版2980， 金蝶KIS迷你版2680 凭证处理 。
3、财务通，制作凭证任意分录自动平衡功能 金蝶凭证只支持借贷两行分录平衡，财务通全面支持键盘操作，金蝶很多地方需要鼠标辅助，财务通有凭证作废功能，金蝶无，删除后凭证号间断； 财务通制作平整时可以动态联查可追溯科目余额及辅助帐 金蝶不可以 。
4、报表处理 财务通提供10余个重点行业的标准财务报表模板，包括最新的《现金流量表》，可轻松生成复杂报表。提供自定义模板的新功能,可以根据本单位的实际需要定制模板，金蝶无任何行业报表模版 。