教育部抽查论文会重新查重。
教育部对于高校学位论文和期刊论文的抽查是为了维护学术诚信和质量，确保高校论文工作的规范开展。抽查结果若被认定存在问题，会有相应的处理措施。
一、抽查结果需要查重：
从实际操作角度出发，教育部对学位论文和科技论文都有查重的安排，而且查重比例不低。在这个前提下，抽取的抽样平台中“论文与文件”一栏就很有可能会被抽到查重。
“论文相似度超过%，红色通报批示”，多数时候会被认为是学术诚信方面的问题。所以一旦涉及到抽查学术论文，必然会涉及到查重。
二、抽查结果不需要重新查重：
然而，另一个可能的情况就是：如果高校的网络检测系统与教育部使用的同一个系统（比如Turnitin），并且检测结果能够通过这样的系统建立的规则和标准互认，那么，教育部其实并不需要对这部分论文再次进行查重。
因为教育部已经对此类论文进行了初步的查重操作，如果采用与高校网络检测系统相同的技术、规则和标准，重复进行一次查重显然是没有必要的。
总之，教育部在抽查学术论文时，是否重新查重，取决于多方面的因素，包括有哪些抽样平台、使用的查重工具等等。因此，在保证论文的原创性和学术诚信方面，学生和导师都应该珍视每一个学术论文，并遵守相关规定和要求，以确保高质量的研究成果和学术声誉。
拓展知识：
关于论文查重，网络上关于使用的这些软件存在很多误区。比如，有人认为对论文进行复制黏贴是有效的卡取消查。实际上，论文查重早已不是简单地粘贴快捷方式就能骗过电子检测程序的事情了。
目前，高校一般会使用专业的网络检测系统，如Turnitin、iThenticate、CrossCheck等，对学生提交的学术论文（包括期刊论文和学位论文）进行全文和相似度检测，以保证论文的原创性和学术诚信。
如果发现论文间存在严重的相似度与抄袭问题，将会影响到学术诚信和声誉，甚至失去学位、取消毕业资格等。所以，对于把论文抄到网上直接拿过来用的行为是绝对不能容忍的。