1、经营范围不同
旗舰店：一般情况下旗舰店只卖自己的品牌，有且仅有一个品牌，而不会出现其它不相干的品牌。
专卖店：专卖店算是加盟店，由品牌企业授权，不是企业自己所设。是别人授权给他的品牌，比如耐克，阿迪授权给它，准许它在网上卖。
专营店：可经营自有品牌和他人品牌，它只做一种商品，比如只做鞋子，但是可以做多个品牌，比如鞋子专营店，可以做耐克的鞋子，也能做阿迪的鞋子甚至其他的多个品牌，品牌数量还没有限制。
2、经营主体不一样。
旗舰店：天猫旗舰店是自有品牌企业，就是说天猫旗舰店所经营的品牌必须为申请天猫店铺的企业所有或企业法定代表人所有。
专卖店：天猫专卖店的经营所有者必须是取得该品牌所有者或者公司正式授权的企业法人。
专营店：天猫专营店的经营者必须是在中国大陆注册的企业法人。
3、品牌资质不一样。
旗舰店：旗舰店是必须得有国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要注册商标。
专卖店：品牌专卖店则需要两样东西，一个是品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证（即上面说到的品牌旗舰店的注册商标），另一个是申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书。如果售卖的品牌所有者是人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。
专营店：经营他人品牌，则需提供具有完整的授权书，品牌持有人的商标注册证；若商家不能提供逐级授权到自己的品牌授权书，也可提供由供货商出具的正规渠道证明，品牌持有人的商标注册证等。
参考资料来源：百度百科——天猫招商标准
参考资料来源：百度百科——专营店
参考资料来源：百度百科——专卖店
参考资料来源：百度百科——旗舰店
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