演化经济学的方法论基于一系列核心假设和独特的研究方法。首先，复杂行为人假设认为，人们在经济活动中并非单一的“经济人”，而是受到本能、环境和心理因素的复杂影响。心智重要假设强调心智作为经济行为者决策的基石，知识状态和学习在其中占据关键地位，创造性原理表明知识对经济变迁的影响力。满意假设承认人们在决策时追求的是满意而非最优，抱负水平随时间变化，驱动人们在不满意现状时寻求新的选择。
不确定性假设是演化经济学对未知性和变迁的接纳，它区分了经济世界中不同变量的变迁速度，强调世界结构的动态性。多样性假设则认为世界和经济行为的多样性是分析的起点，避免通用性假设，重视个体和具体情境的差异。历史重要性体现在经济发展的路径依赖和不可逆性上，演化经济学通过个体发生和系统发生结合的方法，以及历史和地理的相对性分析，揭示经济现象的复杂性和多样性。
在具体研究中，演化经济学采用比较方法，通过观察和比较揭示潜在的经济机制，运用动态分析方法探讨经济变量的历时变化。这种方法论使得演化经济学能够深入理解经济行为的动态演变和多样性，以及它们与历史、地理和知识的紧密联系。
演化经济学方法论是采用个体群思维方法研究经济问题，以达尔文主义作为哲学基础，借鉴批判实在论，强调回溯法。演化经济学的基本假设和具体方法为我们提供了新的研究思路和技术工具。