子女教育专项附加扣除的申报方式有两种，分别是通过扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报。
通过扣缴义务人申报：主要是指一些纳税人在工作单位进行申报。这种申报方式的好处是单位可以掌握扣缴的个人信息，方便进行税务处理和计算。如果个人将相关信息提供给扣缴义务人，扣缴单位可以通过扣缴客户端进行人员信息采集和专项附加扣除信息采集，然后在次月办理扣缴申报时进行相应的扣除。这种方式有利于简化流程，减轻个人的申报压力。
综合所得年度自行申报：如果个人不愿意通过单位进行申报，或者所在单位没有相关渠道进行申报，可以选择这种方式。个人可以直接在次年3月1日至6月30日的个人所得税综合所得年度自行申报中进行专项附加扣除的申报。这种方式需要个人更加主动地进行税务管理和申报，但也能确保个人的税务权益得到保障。
无论选择哪种申报方式，都需要提供必要的信息，如子女教育相关信息等。纳税人应根据自己的实际情况和便利性选择合适的申报方式，并确保提供信息的准确性和完整性。