为了促进沿海港口的健康发展，交通运输部提出了一系列重要措施。首先，大力发展港口现代物流，通过在主要港口建设国际和区域性物流中心，构建以港口为核心的物流服务网络。强化港口物流园区、货运场站和物流通道的建设，注重集装箱和大宗货物的专业化物流，同时继续推动内陆无水港的建设，以提升物流效率。多式联运也是重点，通过完善不同运输方式间的货运技术标准，加强运输组织和管理协调，优化整体运输体系。
其次，现代航运服务业的发展被赋予了新的使命。以国际航运中心为依托，着力发展包括航运金融、保险、海事仲裁、信息和航运交易在内的多元服务业务，延长航运服务产业链，并探索设立国际航运综合试验区，充分利用保税港区的优惠政策，推动国际中转和保税业务的繁荣。
提升港口信息化水平是关键。利用现代信息技术，推动港口服务的智能化和高效化，比如智能化生产管理系统、散货码头自动化装卸系统和多式联运信息服务系统。电子口岸建设也在加速，通过电子数据交换系统，建立一体化单证体系和信息服务体系，实现信息共享和通关便利化。
最后，注重绿色安全港口的发展。加强节能减排，采用节能技术改进港口设计和装卸工艺，同时强化环境保护，提升污水处理和垃圾处理能力，减少扬尘和噪音污染，保护生态。强化港口安全设施，提升航道通过能力和锚地保障，共享资源，实现港口资源的节约集约利用。
为贯彻落实《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》，组织实施好《交通运输“十二五”发展规划》，2011年11月8日，中华人民共和国交通运输部以交规划发〔2011〕634号印发《关于促进沿海港口健康持续发展的意见》。该《意见》分积极促进港口协调发展、有序推进专业化运输系统码头建设、稳步实施新港区开发、继续推进港口结构调整与资源整合、大力加强港口集疏运体系建设、着力推动港口转型升级、切实加强港口规划管理、切实加强港口岸线使用管理8部分。