1951年，原省立福建农学院并入厦大，改成厦门大学农学院（校址在福州市），原私立福建学院的政治、法律、经济三系并入厦大。
1952年，全国高等院校进行院系大调整。1952年院系调整前，厦门大学拥有文法学院、经济学院、理学院、工学院、农学院5个学院、19个系及5个专修科。
952年院系调整后的厦门大学系所设置为：中文系、外文系、历史系、经济系、数学系、物理系、化学系、生物系、
马列主义教研室、体育教研室、华侨函授部、南洋研究所、经济研究所、化学研究所、海洋生物研究室 ，成为文理科的综合性大学，并在52年之后陆续又有院系调出。
1958年7月，厦门大学下放归福建省管理。
1963年9月，经中央批准，厦门大学改为直属教育部的全国重点综合性大学。
厦门大学现在有4个校区,分别为厦门大学
思明校区、漳州校区、
翔安校区和
马来西亚分校。