城口县经济和信息化委员会设有多个职能科室，其内设机构如下：
1. 办公室（兼应急管理办公室）：负责综合协调委机关日常工作，包括政务督办、信息、接待等，管理电子政务、公文、档案、印章、机要、信访、维稳、精神文明、宣传、扶贫帮企、保密保卫等工作。还负责人事、劳资、福利、保险管理和科技干部管理及人才引进。
2. 经济运行科（兼企业考核办公室）：负责工业经济的综合分析和重要文件起草，研究工业经济运行、产业发展等问题，提出政策建议，管理工业年度目标和重要物资平衡协调。
3. 信息化管理科（兼无线电管理委员会办公室等）：执行国家信息化法律、法规，负责信息服务业规划、信息化建设及推进，协调电信、广播电视与计算机网络融合，保障信息安全和无线电频谱管理。
4. 投资规划科（兼三电管理办公室等）：负责工业、生产性服务业的法规监督和规划实施，协调重大项目审批、投资指导，推进产业技术创新和国际化合作。
5. 煤炭工业管理科：负责煤矿安全生产的监督、规划编制、事故处理及煤炭工业发展战略研究。
6. 中小企业指导科（兼中小企业发展指导局等）：指导中小企业发展，负责政策制定、科技创新、融资、维权及社会信用体系建设。
这些科室在各自的领域内承担着制定政策、监督执行、服务指导和应急处理等职责，确保县内经济的平稳运行和信息化建设的有序进行。