2001年6月19日，舟山市普陀区部分行政区划调整，撤销峧头镇、台门镇、双塘乡，合并设立六横镇，辖85个村、2个社区，驻原峧头镇政府驻地。撤销湖泥乡，并入虾峙镇，辖20个村，驻地不变。撤销螺门乡，并入展茅镇，辖16个村、1个居委会，驻地不变。撤销沈家门镇、勾山镇、葫芦乡，其行政区域由普陀区政府直辖。在此区域调整设立若干街道办事处事宜由舟山市按有关规定办理。
2001年7月，普陀区将全区原10镇8乡撤并为7镇4乡3个街道。
2002年，普陀区辖3个街道、7个镇、4个乡，23个社区、7个居民区、199个行政村：沈家门街道、东港街道、勾山街道、六横镇、朱家尖镇、展茅镇、桃花镇、虾峙镇、普陀山镇、东极镇、白沙乡、登步乡、佛渡乡、蚂蚁岛乡。
2007年10月，普陀区调整部分行政区划：撤销朱家尖镇、展茅镇建制，分别设立朱家尖街道办事处和展茅街道办事处；撤销佛渡乡建制，其行政区域划归六横镇管辖。
2013年8月29日，普陀区调整乡镇、街道行政区划：撤销白沙乡、朱家尖街道，合并成立新的朱家尖街道。调；撤销登步乡、蚂蚁岛乡、沈家门街道，合并成立新的沈家门街道；撤销勾山街道和东港街道，合并成立新的东港街道。 普陀区境内岛屿星罗棋布，海岛岸线弯曲，岙口、岬角环列，形成众多港口、港湾、水道，且岛屿环抱，口多腹大，水深浪小，少淤不冻，加之多泥质粉砂或粉砂质泥底，腹地可建港口设施，其避风性能、锚地良好。据探测，全区12-20米水深岸线44千米，区域内有各类船舶修造企业54家，分布在马峙、鲁家峙、朱家尖、桃花、虾峙、六横等岛，是建设深水泊位，泊航巨轮的理想港区。
国内外著名的沈家门渔港则是舟山渔场的中心港口，也是全国最大的渔港，与挪威卑而根港、秘鲁卡亚俄港合称世界三大群众渔港。 其长11.5千米，宽0.19-0.17千米，为东西走向多口门的峡型天然良港，港域320万平方米，水域185万平方米，海底平坦，泥质粉砂，是理想的渔轮锚泊、避风港，也是全国最大的渔货集散地。渔汛旺季，国内沿海各省市的近万艘渔船云集，避风、修理和补给生产、生活资料。沿港岸设有船厂、柴油机厂、锚链厂及石油、渔网、渔机等为渔业生产服务的企业百余家。沈家门港已是客货运输综合性港口。
