分情况，企业变更后，要看名称是否及时向税务部门办理变更。
1、因为办理变更手续需要时间，而且企业变更名称，工商变更刚变完就赶上纳税申请时间，这时税务部门还没有办完变更手续，这时开的发票是可以抵扣的。
2、如果工商和税务原来企业名称都变更完毕，系统的名字已经变成了单位的新名称，那么就不可以抵扣了，系统也无法认证了。
如果公司的变更仅是名称发生变更，税号没有变更，取得的增值税专用发票开具日期是在公司办理工商、税务登记变更以前的，可以在认证通过后申报抵扣;如果开具日期是在公司名称变更以后的，发票开具的名称还是原来老的名称，则属于不符合规定开具的发票，不得抵扣进项税额。
如果只是企业名称变更了，其他如法定代表人、办税人员、经营地址等等都没变，那么只需要带上新的营业执照及复印件、原来的税务登记证正副本到税务机关填写《变更税务登记表》；
进行税务登记变更(前提是营业执照和组织机构代码证上的企业名称都已经变更)并将已经填开和没有填开的发票(包括向税务机关领购或者向税务机关申请自印的发票)，向税务机关进行缴销然后重新向税务机关申请领购或者自印发票。新的发票专用章可以先行刻制，但必须与变更后的企业名称相同。免税证明如果没有到期，可以不变更。
扩展资料
公司名称变更发票：
名称变更没有关系的。只是增值税一般纳税人还没有认定。之前取得的增值税发票是不能进项抵扣的。
如果只是企业名称变更了，其他如法定代表人、办税人员、经营地址等等都没变，
那么只需要带上新的营业执照及复印件、原来的税务登记证正副本到税务机关填写《变更税务登记表》，进行税务登记变更(前提是营业执照和组织机构代码证上的企业名称都已经变更)并将已经填开和没有填开的发票(包括向税务机关领购或者向税务机关申请自印的发票)向税务机关进行缴销，然后重新向税务机关申请领购或者自印发票。
参考资料来源：百度百科-进项税额抵扣
1、因为办理变更手续需要时间，而且企业变更名称，工商变更刚变完就赶上纳税申请时间，这时税务部门还没有办完变更手续，这时开的发票是可以抵扣的。
2、如果工商和税务原来企业名称都变更完毕，系统的名字已经变成了单位的新名称，那么就不可以抵扣了，系统也无法认证了。