没关系，因为
收入证明只是贷款人工资收入的证明，但银行流水的内容包括工资收入，却不仅仅局限于工资，银行流水还可以包括个人的其它收入，比如租客每月支付的租金等，所以存在差异是可以理解的。但是收入证明的额度与银行卡工资收入项不能相差太大，如果收入证明虚高的话，银行可能会要求贷款人重新提交申请材料，或拒贷。
收入证明和银行流水的作用
1、 收入证明：
收入证明是是我国公民在日常生产生活经营活动中，所需要的对经济收入的一种证明。工作收入证明一般体现借贷人的工作单位，职位，
工作年限还有工资收入，一般由借款人所在单位开具，具有一定的格式，需要加盖
单位公章才有效。 收入证明是买房申请贷款时银行考察用户还贷能力的又一大依据，准备贷款买房的人是否真的具备还清房贷的能力，是否会拖欠贷款，这些问题都能在收入证明上有所体现，银行会根据收入证明来判断能不能给该申请人放贷买房。
2、 银行流水：
银行流水主要是指借款人提供的自身收入流水，是个人在一段时间内与银行发生的存取款业务交易清单。 对于计划贷款买房的人来说，银行流水不仅反映了他们的工资状况，而且还反映了他们的消费情况和整体的经济状况。而这些都是银行决定是否同意贷款的依据。 一般而言，银行更愿意给那些具有稳定并且合理的银行流水的申请人贷款，相反，对于那些忽高忽低，银行流水并不稳定的借贷人的申请通过的几率并不高。毕竟房所需要的贷款一般都是数额比较大的，银行要慎重考虑借贷人的未来预期还款状况和经济负担能力，避免出现借贷人承担不起
月供的情况。
3、 在买房中的作用：
(1) 银行流水可以作为一个参考依据，通过这些数据，计划买房者可以对自己的经济状况有一个清楚的认知，从而确定自己可以承担什么价位的房子，或者是能负担每个月多少的月供。
(2) 银行流水和收入证明作为申请贷款的依据，对于绝大多数不能付清房款的人而言，是非常重要的。 在通常情况下，这两项数据需要保持一致，而且收入证明中的月收入一般需要覆盖月供的两倍。如果达不到要求，月收入没有月供的两倍，那么银行对于借贷人的申请往往不会予以通过。