就安全性方面而言，转基因技术本身是中性的，谈不上是安全的或是不安全的。转基因食品安全与否，取决于所转移基因的性质而非转基因技术本身。所转移的基因是什么，从哪儿来，有没有对生物体不利的影响，才是决定安全性的关键。若转入对人体有害的毒素基因，那自然是危险的，但这显然通不过国家有关部门的严格审批程序。反之，若转入的基因来源安全且能降解食品中一些本来存在的毒素，那就不但不存在安全风险问题，而是更加安全了。例如亚热带地区一种叫鹰嘴豆的农作物籽粒，富含蛋白质，营养比大豆还丰富，但其含有一种有害物质，易使新生儿产生脊柱裂，因此科学家正在研究努力通过转基因技术来去除这种有害物质，使鹰嘴豆更加安全。
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