对于鞋子上的真菌，可以考虑采取以下方法进行处理：
太阳暴晒。太阳光中的紫外线能够杀死真菌，但是因为有死角，并不能完全杀净。
酒精喷洒。将75%酒精均匀喷洒在鞋内，能够杀死真菌。
化学消毒剂浸泡。常用的化学消毒剂，如84消毒液、过氧乙酸、漂白粉上清液等，均能有效杀灭真菌。但在浸泡鞋子的时候，需要考虑到消毒剂对鞋子的腐蚀和漂白作用，浓度越高副作用也越强。可以尝试采取较低浓度的消毒液对鞋子进行浸泡消毒。
高温。使用开水煮沸或蒸煮，能够杀死真菌，但必须考虑到鞋子的质地能够耐受高温高湿。此方法适用于布鞋，而不能用于皮鞋、胶鞋等。
专业消毒设备。如卫生机构的环氧乙烷灭菌器等。