发行税务机关地区编号栏的第五六位是区或县的代码，第三四位数是地级市代码，第一二位是省份代码。
2006年9月12日，国家税务总局下发文件《关于进一步明确纳税人识别号有关编码规则的通知》(国税函[2006]820号)，进一步明确纳税人识别号有关编码规则。文件下发到各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局。
文件指出:纳税人识别号原则上是无含义代码。对于取得技术监督局9位组织机构代码的纳税人，其纳税人识别号采用6位行政区划码加9位技术监督局组织机构代码。引用6位行政区划代码的目的是为了首次赋码的便捷、防止重码出现，保证纳税人在全国范围内被赋予唯一的纳税人识别号，本身不具有任何语义。
文件强调:纳税人识别号是纳税人数据信息内外部交换共享的基础，应保持不变。