魏玛─阿恩塔特时期（1703～1707）1703年4月，
巴赫任魏玛宫廷
小提琴手，工资单中写明是“仆役”。8月往阿恩施塔特任“新教堂”
管风琴师。1705年冬，巴赫请假徒步赴吕贝克听杰出的北德乐派管风琴家D.布克斯特胡德演奏，深受启迪。数月后方返回阿恩施塔特。为此巴赫两次受到宗教法庭的审讯，除因“擅自超假”外，还被谴责为“在众赞歌中作出许多惊人的变奏，混入许多陌生的音响，使公众为之惊惶失措”，并曾“把一个陌生的少女带进教堂中演唱”，以及“在星期天讲道时间上酒馆”（据1706年2月22日及11月11日《宗教法庭记录》）等等。巴赫愤而去职。
米尔豪森—魏玛时期（1707～1717）1707年6月巴赫任米尔豪森教堂管风琴师。同年与堂姐玛丽娅·巴巴拉结婚。不久因与教堂监督发生矛盾，其演奏受到指责，乃离去。1708年7月任魏玛宫廷管风琴师，兼为宫廷作宗教音乐。1714年起被任命为宫廷乐师，每月为宫廷创作新曲，因而作大量康塔塔。1717年秋，巴赫赴
德累斯顿与法国哈普西科德演奏家L.马尔尚进行演奏比赛。临赛前马尔尚不辞而别，巴赫不赛而胜。魏玛公爵与其侄发生争执，巴赫倾向后者，致使公爵恼怒。巴赫要求离职不准，竟被公爵无理监禁4周，罪名是“由于其倔强，强行要求辞职”。巴赫在被监禁期间写下《管风琴小曲集》。
克滕时期（1717～1723）1717年8月巴赫任克滕宫廷乐长后的6、7年间，是巴赫一生中处境较为顺利的年代也是创作上（尤其在世俗性器乐创作上）丰收的年代。克滕公爵热爱音乐，对巴赫非常器重，常在一起奏乐，一起旅行。他以国库收入约1／30的经费作为其宫廷乐队的开支。此期间巴赫写下许多最重要的代表作：
《平均律钢琴曲集》上卷（1722）、
《勃兰登堡协奏曲》（1721～1723）、小提琴独奏奏鸣曲（约1720）、
大提琴独奏奏鸣曲（约1720）、《创意曲》（1723）等。1720年7月他的妻子去世，1721年与安娜·玛格达勒娜结婚。1720年11月旅行汉堡时，在赖因肯面前演奏管风琴，他以各种方式即兴演奏众赞歌变奏《在巴比伦河边》达半小时以上，博得赖因肯的赞叹。
莱比锡时期（1723～1750）1724年，巴赫以其《约翰受难曲》作为接受考核的作品，去争取莱比锡托马斯教堂乐长这个颇具声望的职位。莱比锡市议会和教堂认为该作品过于“戏剧化”，但由于找不到更合适的人只得录用巴赫。同时他还在尼可拉教堂供职，并兼事托马斯教堂附属学校的教学和演出工作。巴赫在莱比锡度过了他的后半生，写下了265部宗教康塔塔、6部经文歌、5部弥撒曲、4部受难曲、2部清唱剧等宗教性乐曲，又创作了《平均律钢琴曲集》下卷（1744）、《意大利协奏曲》（1735）、《戈尔德贝格变奏曲》（约1736）等世俗性乐曲。在莱比锡，他常与莱比锡市议会、教堂的主持人、教堂附属学校的校长等发生冲突，也曾因反对教规、校规以及创作不符合教堂要求等，而屡遭谴责。巴赫并不屈从，曾上书议会和法庭进行自辨，致使市议会成员认为巴赫已属“不可改正”，1730年决议予以减薪处分。1737年，他向德累斯顿的萨克森选侯奉献作品，请求赐予“德累斯顿宫廷作曲家”的头衔，获得批准。“宫廷作曲家”的头衔，有助于改善巴赫的处境。1747年，巴赫访问波茨坦，为
普鲁士皇帝
腓特烈演奏。返回莱比锡后，他又根据普皇的一个主题写作了一部乐曲
《音乐的奉献》（1748）献给普皇。最后，巴赫还写作了一卷
《赋格的艺术》（未完成）。由于他的体力日衰和双目失明而就此搁笔，1750年7月28日逝世于莱比锡。