食品流通许可证，是经营者销售预包装食品或者散装食品的资格证明文件， 食品生产许可证，是经营者加工生产食品的资格证明文件。 这两者是完全不同的证件，前者是流通领域的证件，后者是生产领域的证件。
SC区别于QS之处，总结为“五取消”“四调整”
“五取消”指：
一是取消部分前置审批材料核查；
二是取消许可检验机构指定；
三是取消食品生产许可审查收费；
四是取消委托加工备案；
五是取消企业年检和年度报告制度。
“四调整”指：
一是调整食品生产许可主体，实行一企一证；
二是调整许可证书有效期限，将食品生产许可证书由原来3年的有效期限延长至5年；
三是调整现场核查内容；
四是调整审批权限，除婴幼儿配方乳粉、特殊医学用途食品、保健食品等重点食品原则上由省级食品药品监督管理部门组织生产许可审查外，其余食品的生产许可审批权限可以下放到市、县级食品生产监管部门。
QS的法律依据是《工业产品生产许可证管理条例》，随着食品监督管理机构的调整和新《食品安全法》的实施，《工业产品生产许可证管理条例》已不再作为食品生产许可的依据。SC依据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规制定。