明代的医事制度在宫廷内设有专门服务于皇室成员的医疗机构。早在吴元年（1364），朱元璋设立了尚药局，由正六品的尚药御奉主持，负责监制皇帝的药物。洪武六年（1373）时，御药局成立，配置了2名尚药御奉、2名直长和10名药童，这些职位都由内臣担任，而御医则由太医院医官负责。御药局除了制药，还负责各地进贡药材的收储。
1373年，增设了御药房，由提监和太监理理，设有不定员的近侍医官，分两班负责御药。嘉靖十五年（1536），御药房改名为圣济殿，设有轮流值班的御医。圣济殿还建立了御药库，由提督太监管理，确保药材的管理和使用。在东宫，洪武二年（1369）设立了典药局，负责皇太子的医疗保健，由六局官员和内使共同管理。
亲王府的医事制度也在明代得到重视，亲王府的司药在承奉司下工作，建文年间增设了典药。后宫的医疗体系在洪武五年（1372）设立六局，由尚食司负责，设有司药和典药等职位，最初由女官担任，后转为宦官。皇后及嫔妃的疾病，多由太医院医官诊断。后宫设有安乐堂和月子房，分别用于治疗和护理。王府的良医所，如藩王府，设有良医正等职位，由太医院推荐的文官担任，如王履、李时珍等名医也曾任职于此。
明代医事制度主要分为中央的医药机构、宫廷医事制度、地方的医事制度和民间医学团体四个部分组成。明代医事制度从治学内容、方法、态度到医学家应具有的思想素质、道德品质、处世接物方法、对待患者的态度等，都作了具体规定。