主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、昆明南站
位于昆明市呈贡区吴家营街道白龙潭山脚之西。
2、昆明站
位于昆明市官渡区北京路1号。
二、车站规模不同
1、昆明南站
截至2021年2月，昆明南站总建筑面积为33.47万平方米。站台规模：16台30线。
2、昆明站
截至2021年12月，昆明站总建筑面积25000平方米。站台规模：9台14线。
三、主要线路不同
1、昆明南站
主要线路：沪昆高速铁路、南昆高速铁路、昆玉城际铁路
2、昆明站
主要线路：沪昆铁路、成昆铁路、南昆铁路。
参考资料来源：百度百科-昆明南站
参考资料来源：百度百科-昆明站