法律分析：新农合可以在医院直接报销。因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。通过新型农村合作医疗办公室报账，报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。