主板结构分为AT、Baby-AT、ATX、Micro ATX、LPX、NLX、Flex ATX、EATX、WATX以及BTX等结构。其中，AT和Baby-AT是多年前的老主板结构，现在已经淘汰；而LPX、NLX、Flex ATX则是ATX的变种，多见于国外的品牌机，国内尚不多见；EATX和WATX则多用于服务器/工作站主板；ATX是目前市场上最常见的主板结构，扩展插槽较多，PCI插槽数量在4-6个，大多数主板都采用此结构；Micro ATX又称Mini ATX，是ATX结构的简化版，就是常说的“小板”，扩展插槽较少，PCI插槽数量在3个或3个以下，多用于品牌机并配备小型机箱；而BTX则是英特尔制定的最新一代主板结构。它们分大板，小板和刀板。外观很容易区分。大板上插槽和各种元件很多，板型很大。小板显得很紧凑，插槽也少。刀板细长。介于两者之间。
ATX大板都可以提供更多的扩展插槽，例如可以多提供一个显卡插槽、多提供PCI-E X1插槽等，当然也有一些主板提供了5条PCI插槽，方便特殊用户的需要。除了扩展插槽之外，由于ATX大板提供了较为充足的空间，一些主板还提供双网卡芯片、1394接口芯片等等。