转基因食品中存在一些传统食品中从未出现过的成分。现代生物技术将其他生物的基因转移到植物中，包括病毒、细菌和非食用植物的外源基因，以及标记基因中的抗生素抗性基因等，这是传统育种技术无法实现的。此外，现代遗传工程学还比较年轻，对这些遗传改变将来可能产生的后果尚不清楚。因此，各国对这类食品的安全检验要求比传统方法培育生产的更加严格。
截至2013年，国际上普遍采用的是以实质等同性原则为依据的安全性评价方法。1993年，经济合作与发展组织（OECD）首次提出了实质等同性原则。OECD 认为，以实质等同性为基础的安全性评价，是说明现代生物技术生产的食品和食品成分安全性最实际的方法。1996年FAO和WHO 的专家咨询会议建议“以实质等同性原则为依据的安全性评价，可喊敬信以用于评价GM生物衍生的食品和食品成分的安全性。”实质等同性可以证明转基因食品并不比传统食品不安全，但并不证明它是绝对安全的，因为证明绝对安全是不切实际的。会议将实质等同性分为以下三类：（1）与传统食品和食品成分具有等同性；（2）除某些特定差异外，与传统食品和食品成分具有等同性；（3）与传统食品和食品成分无实质等同性。实质等同性是安全性评价程序执行前的指导原则。
完整食品全面安全性评价的要点是：（1）亲本（宿主）作物的安全食用历史、成分、营养、毒性物质、抗营养素等。（2）供体基因的安全使用历史、基因组合的分子特性和插入到宿主基因组性质和标记基因，考虑到基因的水平转移和DNA 安全性。（3）基因产物危害性的评估数据，包括毒物学和过敏性。通过对“开始材料”安全性情况的深入评价和在转化过程的综合评价，为了保证新作物和传统的对应物“一样安全”，还必须按照实质等同性原则，对转基因作物的表型和农艺学性状、成分、全面全性、营养和饲养性等方面的等同性进行综合评价，证明它们和传统对应物是等同的。
截至2013年，从事转基因动、植物研究开发的国家制定了相应的政策与法规以保障转基因食品的安全。例如美国已建立了健全的从事食品安全与环境检测的管理机构和严格的安全标准，对转基因动、植物的研究、开发、试验、生产进行严格的管理和有效的控制，每一种转基因生物在进行释放环境试验和转入商品生产之前，都要对其生物本身以及生产过程的安全性、风险性进行评估审查，通过其相关标准后才予以批准。为了统一评价转基因食品安全性的标准，联合国粮农组织和世界卫生组织所属的国际食品规定委员会也已决定制定转基因食品的国际安全标准。
中国先由原国家科学技术委员会制定了《基因工程安全管理办法》，随后农业部在此基础上制定了《农业基因工程安全管理实施办法》，并同时成立了农业生物工程安全委员会，以负责全国农业生物遗传工程体的安全性审批。2014年10月，农业部向国家工商总局发函，商请要求加强对涉及转基因广告的管理。10月9日，央视广告部门官微称禁止对非转基因广告使用“更健康、更安全”等误导性广告词。将对涉及转基因、非转基因的产品广告加强审查，其中，在我国和全球均无转基因品种商业化种植的作物，如水稻、花生及其加工品的广告，禁止使用非转基因广告词；对已有转基因品种商业化种植的大豆、油菜等产品及其加工品广告，除按规定收取证明材料外，禁止使用非转基因效果的词语，如更健康、更安全等误导性广告词。
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