微山湖物产丰富，向来有“日出斗金”的说法，鱼类现有78种，以鲤鱼为主，经济鱼类有鲫鱼、黄鱼、乌鳢、红鳍鲌、长春鳊和鲤鱼6种，底栖动物包括软体动物、节肢动物、环节动物、昆虫等63种，其资源总量为98876吨，浮游植物共116种，其中优势种14种，浮游动物248种，优势种共32种，水生维管束植物74种，全湖现存为304万吨。
微山湖还是迁徙水禽及其重要的越冬栖息地，区内共有鸟类205种，其中国家一、二级重点保护鸟类主要有大鸨、大天鹅、白枕鹤、灰鹤、鸳鸯等26种，山东省重点保护鸟类35种，列入《中国与日本保护候鸟及其栖息环境协定》二百二十七种中有一百零九种，占48%；列入《中国与澳大利亚保护候鸟及其栖息环境协定》八十一种中有二十五种，占31%。
湿地植被以禾本科，菊科，莎章科，豆科，寥科和眼子菜科为主的植物构成。主要植物群落有芦苇群落、茄群落、莲群落等挺水植被带；杏菜群落，菱角+芡实群落等浮叶根深植被带；马来眼干菜，微齿眼子菜群落，苦草植物群落等沉水植被带，水生植被盖度达89.9%，有“水下森林”的美誉。受国家一，二，三级保护的植物主要有水蕨，粗梗水蕨，中华秸缕草和野大豆等9种。
微山湖矿产资源丰厚，煤炭已探明储量127亿吨，是中国重点煤炭基地之一，且埋藏浅、煤层厚，大多为优质气煤、肥煤。稀土已探明储量1275万吨，位于微山湖东岸郗山，具有含磷、铁等杂质少、品位高、冶炼工艺简单等优点，是目前国内发现的唯一典型氟碳铈澜稀土矿资源。此外，还有大量的石灰岩、煤矸石、黄沙等资源。
乌鳢
乌鳢是微山湖中产量比较多的鱼类，它适应能力强，繁殖量大，是有名的“孝”鱼，很受湖区人们的喜爱。乌鳢体态丰腴，肉质细腻，能做成许多道菜品，既可做主料，又可做辅料，还可以制茸，是许多厨师喜欢采用的鱼类原料。在湖区有“宁丢爹和娘，不丢乌鱼肠”之说。
麻鸭
麻鸭是全国四大名鸭之一，是微山湖区长期培育的优质畜禽，年产量达千万只。由于麻鸭长年放养在湖里，以食鲜活鱼虾、贝类及田螺为主，还有脆莲嫩菱等，所以它体大肉嫩，鲜嫩味美。用它加工做成的香酥鸭、荷香妙龄鸭已畅销国内外。微山麻鸭产地（或分布）：山东省南四湖地区，即南阳湖、独山湖、昭阳湖和微山湖。数量：存栏鸭50万只以上。
老鳖
甲鱼是微山湖的名贵水产品。用甲鱼做成的甲鱼汤是滋补佳品，老少皆宜；用它与农家鸡做成的“霸王别姬”，不仅味道极其鲜美，而且寓意独特；爆炒甲鱼是湖区厨师在实践中发明的一道菜品，此三道菜品是湖区的特色菜，也是湖区婚宴中的名菜。老鳖靠河沿也是微山湖边有名的地方特色小吃。
松花蛋
龙缸松花蛋：用麻鸭蛋加工成的龙缸松花蛋，是微山湖的名牌产品，远销世界20多个国家和地区，在国内市场上也很受欢迎。因此，龙缸松花蛋自然是湖区婚宴中不可缺少的菜品。
咸鸭蛋
蛋壳呈青色，外观圆润光滑，鲁南一带人又叫它“青皮”。咸鸭蛋在我国历史悠久，深受老百姓喜爱，在市场上也备受青睐。微山麻鸭产的鸭蛋研制后鸭蛋黄成橘红色，油汪汪的很好看。、
大闸蟹
也叫“螃蟹”或“毛蟹”，常穴居于江、河、湖沼的泥岸，夜间活动，以鱼、虾、动物尸体和谷物为食，每年秋季常洄游到出海的河口产卵，第二年3～5月孵化，发育成幼蟹后，再溯江河而上，在淡水中继续发育长大。大闸蟹肉质鲜嫩，是深受人们喜爱的一味食品。
莲蓬莲藕
微山湖的藕纯天然野生，是地道的绿色食品，它既可作凉菜，也可作热菜，菜品可达十几种，凉拌藕片、酱藕瓜、炸藕盒都是婚宴中常用的菜品，也是湖区的特色菜。
四鼻鲤鱼
四鼻孔鲤鱼，就是黄河鲤鱼的一个变种，传说在清朝因受到乾隆皇帝的赞誉而名扬天下，四个鼻孔鲤鱼是微山湖湖区婚宴中的一道特色菜，有清蒸鲤鱼、红烧鲤鱼、糖醋鲤鱼、荷香鲤鱼等做法。
