1998年12月，九届人大常委会将《工会法》的修改工作列入立法规划。
1999年初，组成了由全国人大法工委牵头，全国人大内司委和全国总工会参加的修改小组，历时二年零10个多月。
2001年10月27日，九届全国人大常委会关于修改<中华人民共和国工会法>的决定》（以下简称《决定》）。
《决定》对《工会法》的修改共有44条，据此修正后重新公布的《工会法》，旨在适应新的形势，总结实践经验，对新建企业工会的组建、企业职工和工会干部合法权益的保护、工会经费的收缴以及对侵犯工会合法权益行为的制裁作出一些补充性的规定，中心是突出和强化工会维护职工合法权益的职能。其修改《工会法》的主要内容如下： 现行工会法第四条规定：“工会必须遵守和维护宪法，以宪法为根本的活动准则，依照工会章程独立自主地开展活动。
”这里规定的工会“以宪法为根本的活动准则”，指的是工会活动要遵循宪法规定的基本原则，以经济建设为中心，坚持四项基本原则，坚持改革开放，这是工会必须坚持的最重要的根本的活动准则，修正案草案进一步具体规定：“工会必须遵守和维护宪法，以宪法为根本的活动准则，以经济建设为中心，坚持社会主义道路、坚持人民民主专政、坚持中国共产党的领导、坚持马克思列宁主义毛泽东思想邓小平理论，坚持改革开放，依照工会章程独立自主地开展工作。” 为了突出和强调工会维护职工合法权益的职能，新《工会法》规定：“中华全国总工会及其各工会组织代表职工的利益，依法维护职工的合法权益。”“维护职工合法权益是工会的基本职责。工会在维护全国人民总体利益的同时，代表和维护职工的合法权益。”以保障工会组织切实发挥作用，保护、调动广大职工的积极性。
当前一些企业无视职工的劳动条件与安全，随意延长劳动时间、克扣职工工资、不提供劳动安全保护，甚至限制职工人身自由，严重侵犯了职工的合法权益，以致引发恶性安全事故和职工群体性事件，影响社会稳定。
对此，工会有责任及时反映情况，并代表职工与企业方面就维护职工劳动权益的问题进行交涉，使企业予以纠正，避免矛盾进一步激化，维护改革发展稳定的大局。因此，新《工会法》规定：“企业、事业单位违反劳动法律、法规有下列侵犯职工劳动权益情形，工会代表职工与企业、事业单位交涉，要求企业、事业单位采取措施予以纠正；企业、事业单位应当予以研究处理，并向工会作出答复；
企业、事业单位拒不改正的，工会可以请求当地人民政府依法作出处理：
（一）克扣职工工资的；
（二）不提供劳动安全卫生条件的；
（三）随意延长劳动时间的；
（四）侵犯女职工和未成年工特殊权益的；
（五）其他严重侵犯职工劳动权益的。
”增加这些规定，有利于工会开展维护职工合法权益的工作，增强工会组织的凝聚力，更好地发挥其职能作用。 最大限度地把职工组织到工会中来,保障工会更好地代表和维护职工的合法权益,做好新建企业组建工会工作，是工会的一项基础性任务。为了保证组建工会的顺利进行，新《工会法》规定：“企业、事业单位、机关有会员二十五人以上的，应当建立基层工会委员会；不足二十五人，可以单独建立基层工会委员会，也可以由两个以上单位的会员联合建立基层工会委员会。
”针对一些外商投资企业、私营企业和乡镇集体企业工会组建工作存在阻力、进展缓慢、覆盖偏低的状况，新《工会法》增加规定：“上级工会可以派员帮助和指导企业职工组建工会，任何单位和个人不得阻挠。”通过上级工会的指导和帮助，加强基层工会建设。对阻挠职工依法参加工会和阻挠上级工会帮助、指导职工筹建工会的行为,新《工会法》规定应当依法追究其法律责任。
建立工会组织的程序是:
1、向上一级工会以书面形式提出建立工会组织的请示报告。在报告中应说明以下几项内容:(1)本基层单位的基本情况(企业成立时间、性质、职工人数、注册资本、流动资本、生产经营项目、党政领导人的配备等);(2)群众对于组建工作的意愿;召开由本单位各种层次的职工群众参加的讲座组建工会的座谈会，广泛征求意见，说明组建工会是广大职工群众的意愿。(3)党政领导对本单位组建工会的意见。组建工会应征求党政领导的意见，党政领导应依法给予支持。
2、成立建会筹备组
上一级工会对《建立工会请示报告》批复后，应立即成立建会筹备组（3－5人），具体负责筹备期间的工作，在工会委员会选举产生之前暂时代行工会委员会职责。筹备组成员原来不是会员的，要先向上级工会申请入会，办理入会手续。
3、发展会员
发展会员时，要注意广泛宣传工会组织的性质、作用、任务以及会员的权利、义务，使新会员对工会组织有个初步认识。
4、建立工会小组
会员发展后，可根据基层单位会员人数的多少，成立工会小组。
5、召开会员大会，民主选举产生基层工会委员会和经费审查委员会。
在各项筹备工作准备就绪后，筹备组要积极准备召开基层委员代表大会或会员大会，按照民主程序选举产生首届工会委员会和经费审查委员会。
6、履行报批手续
召开会员代表大会或会员大会前，要向上一级工会和主管部门协商工会委员会和经费审查委员会的组成及工会正、副主席、经费审查委员会正副主任候选人名单；会员代表大会召开后，对整个大会召开情况和选举产生的基层工会主席、副主席以及经费审查委员会主任、副主任名单，要及时报上一级工会批复，若选举结果与候选人名单不一致时，应以选举结果为准。
7、建立女职工委员会
工会委员会产生后，应根据女职工数多少及时建立女职工委员会，以维护女职工特殊权益。。 1992年工会法没有规定工会专职干部的编制问题。国有企业中的工会干部属于国家干部，基本是专职的。随着现代企业制度的建立和完善，精简脱产人员，特别是各种非公有制经济迅速发展，情况发生了很大的变化。要求各种不同所有制企业一律设置专职的工会干部比较困难，另一方面，企业、事业单位中又需要保持一定数量的工会骨干分子，使他们有充分的时间和精力从事工会工作。为此，新《工会法》对此作了较为灵活的规定：“职工二百人以上的企业、事业单位的工会组织，可以设专职工作人员的人数由工会与企业、事业单位协商确定。”这样规定，企业、事业单位中的工会干部，根据需要，可以是专职，也可以是兼职，比较适应各种不同情况。
基层干部维护职工合法权益，往往与企业行政方面发生矛盾，有些人还受到打击报复。如以各种理由解除为职工维权的基层工会干部的劳动合同，或者调离原工作岗位，或者降低其工资待遇，还有的在工会干部劳动合同到期后以种种借口不续签合同。在保障工会维护职工利益的同时，也迫切需要保护工会干部的合法权益。
因此，新《工会法》在原有规定的基础上增加规定：“罢免工会主席、副主席必须召开工会会员大会或者会员代表大会讨论，非经会员大会全体会员或者会员代表大会全体代表过半数通过，不得罢免。”“基层工会专职主席、副主席或者委员自任职之日起，其劳动合同自动延长，延长期限相当于其任职期限；非专职主席、副主席或者委员自任职之日起，其尚未履行的劳动合同期限满。任职期间除个人严重过失外，不得解除其劳动合同。” 1994年，我国颁布实施了劳动法。劳动法实施后，工会依照劳动法的规定大力推动集体合同的工作，通过工会与企业签订集体合同，更好地维护劳动者的合法权益，并取得了显著的效果。从近年来的实践看，在企业中，尤其是在非公有制企业中，由工会代表职工与企业通过平等协商签订集体合同，有利于工会发挥维权职能，建立和维护和谐的劳动关系。进行平等协商应主要围绕维护职工劳动权益，如工资待遇、福利、工作与休息时间、劳动安全卫生等事项进行，并签订集体合同。
因此，新《工会法》规定：“工会通过平等协商和集体合同制度，协调劳动关系，维护企业职工劳动权益。”“工会代表职工与企业以及实行企业化管理的事业单位进行平等协商，签订集体合同。集体合同应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。” 1992年工会法规定，建立工会组织的全民所有制和集体所有制企业、事业单位、机关按全部职工工资总额的百分之二向本单位工会拨交经费；建立工会组织的中外合资、合作企业以及外资企业依照国家有关规定向本企业工会拨交经费。这笔经费是在企业所有税税前列支的。工会收缴的经费用于开展各项工会活动，其中百分之六十留在企业工会，百分之四十上缴上级工会调剂使用。现在遇到的问题是，工会经费收缴相当困难，尤其是非公有制企业，拖欠、拒缴工会会费的现象严重。
因此，根据实际情况，新《工会法》规定各种所有制企业以及事业单位、机关按照统一规定的标准拨缴会费，并规定了执行程序：“建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨交经费。”“企业、事业单位拖延或者拒不拨交工会经费，基层工会或者上级工会可以向当地人民法院申请支付令；拒不执行支付令的，工会可以依法申请人民法院强制执行。” 1992年工会法对某些企业拒不组建工会、不按规定拨缴会费、侵犯工会或者工会干部合法权益等行为应当承担什么责任，由哪些部门按照何种程序加以追究，没有具体的规定。过去在单一的公有制经济制度下，一般不发生这些问题，企业所有制结构多样化以后，这些问题逐渐增多，没有相应的法律责任制度，对贯彻实施工会法，维护国家法律的尊严是必要的。
因此，新《工会法》增加了法律责任一间。主要内容是：
第一，对工会合法权益受侵犯的法律规定：“工会对违反本法规定侵犯其合法权益的，有权提请人民政府予以处理，或者向人民法院提起诉讼。”“侵占工会经费和财产拒不返还的，工会可以向人民法院提起诉讼，要求返还，并赔偿损失。”
第二，对依法行使职权的工会干部打击报复的行为，增另处罚规定：“对依法履行职责的工会工作人员无正当理由调动工作岗位和进行打击报复的，由劳动行政部门责令改正、恢复原工作；造成损失的，给予赔偿。对依法履行职责的工会工作人员进行侮辱、诽谤或者进行人身伤害，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚未构成犯罪的，由公安机关依照治安管理处罚条例的规定处罚。”“因参加工会活动而被解除劳动合同的”，“由劳动行政部门责令恢复其工作，并补发被解除劳动合同期间应提的报酬，或者责令给予本人处收入二倍的赔偿。”
第三，对职工因参加工会活动被解除劳动合同以及妨碍工会依法行使职权，增加处罚规定：“职工因参加工会活动而被解除劳动合同的”，“由劳动行政部门责令恢复其工作，或者责令给予本人年收入二倍的赔偿”，“违反本法有关规定，有下列情形之一的，由县级以上人民政府责令改正：（一）妨碍工会组织职工通过职工代表大会和其他形式行使民主权利的；（二）非法撤销、合并工会组织的；（三）妨碍工会参加伤亡事故以及其他侵犯职工合法权益问题的调查处理的。”
第四，对阻挠工会或者职工依法组建或者参加工会，增加处罚规定：“阻挠职工依法参加工会或者阻挠上级工会帮助、指导职工筹建工会的，由劳动行政部门责令其改正；拒不改正的，由劳动行政部门提请县级以上人民政府处理；以暴力、威胁等手段阻挠造成严重后果，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
