(1)法律性质不同。国家秘密关系国家安全和利益，代表和体现国家意志，维护全国人民整体利益。权利主体是国家，归国家所有，只有国家，才能决定它的使用和处置；商业秘密关系特定权利人经济利益和竞争优势，它的范围仅限于与科研、生产、经营有关的技术和经营信息，代表和体现权利人或个人意击；权利主体是某一技术；信息的发明人或持有人，归某一权利人所有。任何合法取得和独立开发商业秘密的人都可以成为商业秘密的权利主体；(2)立法意图不同。"国家秘密"在《保密法》中提出，本意是要求一切组织机构和全体公民在接触国家秘密，利用国家秘密时；均应遵守《保密法》的规定；商业秘密在《反不正当竞争法》中提出，本意是告诫所有经营者在经营活动中遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则，不得违背公认的商业道德； (3)确定程序不同。国家秘密事项的确定有严格的法定程序；商业秘密在法律上没有规定确定程序；商业秘密的确定视权利人的意见而定；只要权利人有保密的意图并且采取了合理的保密措施；商业秘密即受法律保护； (4)转让条件不同。国家秘密具有不可转让或限制转让性，商业秘密则可进入市场自由转让。 (5)法律保护水平不同。由于二者的权利主体不同，代表的利益不同(泄密后违害的对象)，所以对保密措施的要求亦不同。国家秘密反映国家意志，具有强制力，要求任何有权接触、使用国家秘密的人必须承担保密义务；商业秘密则不同，权利人可根据需要进行保护或自愿公开。国家秘密一旦泄露；损害的是国家的安全和利益；商业秘密泄露；损害的是权利人的经济利益和竞争优势以及市场秩序。国家秘密由国家秘密载体的产生和使用单位依法管理，国家保密工作部门依法进行检查、指导和监督；商业秘密没有具体主管部门，而由商业秘密权利人自行管理。国家秘密的保密措施，法律有严格规定，密级越高保密措施的要求越严格；对商业秘密，法律是要求权利人具有保密意图并采取了当时当地条保下合理的保密措施，法律不要求权别人采用某种具体措施；而由权利人自行决定； (6)泄密所承担的法律责任不同。国家秘密一旦泄露，除应承担行政责任外，构成犯罪的还应承担刑事责任；商业秘密一旦被侵害并构成不正当竞争行为的要分别承担民事赔偿责任和行政责任；情节严重的；依照《中华人民共和国刑法》追究刑事责任。
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