多年没从事此项工作，根据个人所学及认识，简要总结如下，仅供参考：
1、二者生态层级不同。商业
生态系统建立在企业生态位分离的基础之上，也就是说，企业生态系统是商业生态系统的前提和基础，
政治经济学称：企业生态系统为基础因子，商业生态系统为
上层建筑。
2、二者组成单元不同。商业生态系统由生产者单元集合、消费者单元集合、分解者单元集合和市场单元集合组成；而生态系统的
最小单位至少有一个生产者单元(企业)，一个消费者单元，一个分解者单元和一个产品市场单元，一个
要素市场单元，一个废品市场单元。
3、二者复杂程度不同。相对而言，商业生态系统更为复杂，更强调系统成员的多样性用以维持自身的稳定，举个例子，如果说企业生态系统像草甸生态系统那样脆弱和单纯，商业生态系统就像
热带雨林一样复杂且具有极强的抗逆性及自我恢复能力。
4、二者发展趋势不同。商业生态系统属于后期综合性生态系统，加之新兴的虚拟商业生态系统的出现具有模糊的边界，故其发展呈现网络状结构，这种发展结构也可以更有效地适应市场需求，能迅速作出反应，适应性更强；而企业生态系统较为传统的生产模式，可塑性较小，其发展始终保持为树状结构模式，对市场反应慢，尤其是技术进步可导致其被迅速淘汰。
5、二者主导性不同。商业生态系统的关键成员对于保持系统的健康起着非常重要的作用，该系统中关键企业对于系统抵抗外界的干扰起着非常重要的作用，因为它所支持的多样性在遇到外界干扰时充当了
缓冲器的作用，从而保护了系统的结构、生产力、稳定性和多样性；与此对应，企业生态系统中，抗干扰性的主要作用则只能来自于企业自身。
个人愚见，总结得不全面，也不一定全对，供参考用。