如果已经分户了，且不止一处房屋，则应该分开进行补偿，分开签订协议。
但是如果只是户口分开了，房屋只有一处，且补偿方案是按照房屋面积来补偿的，还是要根据房屋的所有权人来确定补偿的归属。根据我国法律规定，拆迁的补偿对象是被拆迁房屋的所有权人，所以如果房屋是一人所有，则补偿给一人，如果房屋为家庭成员共有，则要按照共有份额去分配。
但是如果补偿方案是按照户口补偿的，需要根据具体的方案及政策，才能知道应当如何认定，如何补偿。
扩展资料
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
第二十条 房地产价格评估机构由被征收人协商选定；协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任何单位和个人不得干预。
第二十一条 被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
参考资料来源：百度百科-国有土地上房屋征收与补偿条例
不仅仅是户口本分开，两个户口本的家庭地址不同，只不过是相聚较近的两个地方！一个是当年单位分的住房，还有一个是当年单位办公的一间房子，因为家里人多，所以单位就把那间办公房给我们家人住了，我哥的户口本地址就是那个办公房，可是现在要拆迁，却只给我家一套房子！ 麻烦了……
追答你们家的情况，两个孩子一男一女，有理可争，应该争取二套。至少二室一厅和一室一厅。
本回答被提问者采纳不仅仅是户口本分开，两个户口本的家庭地址不同，只不过是相聚较近的两个地方！一个是当年单位分的住房，还有一个是当年单位办公的一间房子，因为家里人多，所以单位就把那间办公房给我们家人住了，我哥的户口本地址就是那个办公房，可是现在要拆迁，却只给我家一套房子！