慢性溃疡性结肠炎的病因复杂，主要包括以下几个方面：
首先，过敏因素在疾病的发生中起着重要作用。个体差异性导致某些人对鱼类、虾、蟹、牛乳等高蛋白食物过敏，这些食物中的异体蛋白进入人体后，会引发大量组织胺物质，引发过敏性反应。这种反应由致敏物质刺激引发，自身免疫系统会释放出防御物质，引发免疫细胞聚集在消化道粘膜表面，造成炎症，尤其在饮食习惯改变和个体差异增加的现代生活中，成为消化过敏的主要因素。
其次，感染是结肠炎的重要病因之一。尽管粪便检查通常未发现特定的致病菌、病毒或真菌，但每次发病时使用抗生素都能在一定程度上控制病情，这表明抗生素能够抑制大肠杆菌和其他有害菌，减轻临床症状。不洁或变质食物的摄入常常导致肠道病变，成为结肠炎病因中的常见因素。
最后，自身免疫反应在慢性结肠炎中也占据一席之地。随着医学进步和免疫学的发展，越来越多的不明病因被揭示，这使得慢性结肠炎的治疗变得更加困难。在常规治疗下，这种疾病的治愈率不高，需要引起医学界的广泛关注。
慢性溃疡性结肠炎是一种结、直肠粘膜的弥漫性炎症，其临床特点为原因不明的、时好时坏血性腹泻。难以设想如此一个破坏性疾病却无一个可确定的病因或一个特异的内科治疗方法。虽然切除全部病变的结、直肠可完全治愈此病；但付出的代价将是有可能从此终身腹部回肠造口。