合作医疗和医保不是一样的。
区别如下：
1、概念不同，合作医疗是在群众自愿互助的基础上，依靠集体经济，在防病治病上实行互济互助的一种福利性质的医疗保险，医保是根据法律法规，在劳动者患病报销基本医疗费用的社会保险。
2、缴纳费用不同，合作医疗保险缴纳的费用一年几百元，而医保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下合作医疗保险的费用低很多。
3、缴费方式不同：合作医疗保险是由参保人负担全部费用，而医保是由职工和公司一起承担费用的。
门诊报销标准
1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额0元，处方药费限额200元。
5、中药发票附上处方每贴限额1元。
6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
大病报销标准
1、镇风险基金补偿：凡参加农村合作医疗保险的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
2、镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。农村合作医疗是我国农民自己创造的医疗保障制度，可极大缓解农民因病致贫、因病返贫中发挥着极大的作用。
那么农村合作医疗可以补交吗?不可以补交，农村合作医疗在每年的11月份到12月份缴纳，到次年的1月1日生效，即便在次年补交也不能生效，所以农村合作医疗不能进行补交。
住院报销标准
1、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
2、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
门诊费用报销程序：
参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、寸两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分有参保农民现金结算。参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
住院费用报销程序：
参保农民在市内定点医疗机构住院治疗的，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。到省级新农合定点医疗机构治疗的，需在相关医院开具转院证明。到省外公立新农合医疗机构就诊必须在省级定点医疗机构开具转院证明。
外在误工、上学的参合人员因病住院治疗或住院分娩的，应选择当地新农合经办机构确立的公立新农合定点医疗机构住院治疗，并在住院之日起7日内委托亲属或他人，持定点医疗机构住院证明（或传真复印件）在户籍所在地乡镇卫生院办理转诊手续，出院后20日内将诊断证明、出院证明、发票、费用清单（原件）及病理复印件提供给户籍所在乡镇合管办，并在乡、村两级政务公开栏公式不少于15天后符合新农合报销规定的，由乡镇卫生院录入新农合系统给予补偿。
对于在市外定点医疗机构住院治疗的参合患者，费用在10000元以上的必须经区和高管班与所住医院联系审核无误，符合新农合报销规定的方可公示报销。凡是不按新农合相关规定办理转诊转院手续的参合患者，之后所产生的医疗费用均不予补偿。