刚好之前帮一些朋友做了一个总结，给你参考下，估计不会差太远了。
进料加工企业日常纳税申报工作（中山）
应一位朋友的要求，将涉税问题整理一下，如果不会地方大家多多包涵。
企业基本情况：属于进料加工企业，存在内销。是外商投资企业，所得税属国税管理。
一、 涉及相关税种及申报软件
a) 增值税 17%
i. 防伪开票系统（开发票）
ii. 沪友增值税专用发票抵扣联信息企业采集方式软件（抵扣联扫描）
iii. 电子报税管理系统（增值税汇总申报）
iv. 易税门户-网上抄报税（抄税、清卡）
二、 生产企业出口退税申报系统（出口退税申报）
i. 广东省企业所得税申报系统 V3.3
b) 堤围费 0.07%
c) 城建税及教育费附件 5%+3%
d) 地方教育费附加 2%
e) 印花税 0.03%
f) 个人所得税 5%-40%
三、 一般流程概括
a) 日常工作
i. 根据销售业务需要使用“防伪开票系统”开具发票
ii. 将公司日常收集的增值税专用发票抵扣联扫描入“沪友增值税专用发票采集软件”，导出文件并上传国税网站验证。
iii. 将公司日常收集到已经缴款的海关增值税缴款单录入到“电子报税管理系统”中，导出并上传国税网站验证，一般两天左右有结果。
iv. 将收集的运输专用发票到税局前台验证，并录入到“电子报税管理系统”
v. 日常将受到的进出口报关单的数据录入到“生产企业出口退税申报系统中”
vi. 会计记账工作（这个说多了也就废话了）
b) 月结性工作
i. 月底前两天，检查扫描的专用发票抵扣是否都已经上传到国税网上，并确认都通过验证。
ii. 月底前两天检查收到的所有海关增值税缴款单是否都通过验证，并下载导入“电子报税管理系统”
iii. 检查手上的运输发票是否都验证并录入到“电子报税管理系统中”
iv. 开票IC卡抄税工作
1. 月初第一天可以将IC卡插入，并在“防伪开票系统”中做抄税操作。
2. 抄税后将IC卡插入“易税门户-网上抄报税”对应的读卡器中，点“抄税”。
3. 增值税纳税申报后在“易税门户……”中点“清卡”
4. 部分企业没有开通网上抄报税的，第2步跟第3步改为等增值税申报工作完成后，拿IC卡到税局前台抄税并清卡。一般是15号前完成。
v. 增值税申报工作（以下说的系统都是指“电子报税申报系统”）
1. 到国税网下载验证通过的增值税发票抵扣联，导入系统中。
2. 打开“防伪开票系统”在查询界面查询当月发票，用“电子报税申报系统”的“从查询界面读入”的功能导入当月的销项税发票
3. 录入当月抵扣的“运输发票”（日常已做则忽略）
4. 录入当月抵扣的“海关缴税凭证”（日常已做则忽略）
5. 录入当月不开票，但视同销售的其他应税项目
6. 生成报表，注意表二中的18行的进项税转出需要依据出口退税申报系统中的“免抵退税不得免征和抵扣税额”数据填写，申报主表中免抵退税收入金额也是依据出口退税申报系统的数据填写。
7. 依据记账情况。统计当月抵扣进项中有多少是属于固定资产，并录入。
8. 生成申报文件，上传国税网站。（这步就完成增值税申报工作）
vi. 出口退税申报（基本按软件向导一步一步来就没错）
1. 月尾到税局下载上期的正式申报反馈信息导入系统
2. 根据报关员提供的新增合同信息录入新增手册
3. 根据报关员提供的海关手册核销通知，录入手册核销信息
4. 检查进口报关单及出口报关单信息是否正确。
5. 检查“电子口岸”网站中“出口退税”项目下是否已将所有报关单信息提交给税局，如果不提交会导致预审时出现单证收齐的报关单信息不齐的情况，影响当期出口退税。
6. 录入单证收齐信息（一般是指出口报关单黄单-退税联），注意要将当月申报截止日期往前推90天的所有报关单做收齐，要不然就视同内销征收17%增值税，例如2010-4-20日为3月出口退税的申报截止日期，那么2010-1-21日以前的报关单必须全部收齐。
7. 生成预审数据到税局递交并取得反馈数据，记得在生成预审文件时勾选备份。可以通过网站上传方式提交，没有实践过，这里不谈。
8. 如果反馈信息有异常，那么最好导入预审前的备份文件，选清空旧有记录，修改正确后重新生成预审文件。如无异常则下一步
9. 生成明细申报数据（记得勾备份）
10. 按向导一步一步来，到录入增值税申报表数据时暂停，先录入一个空的增值税申报表，以便生成汇总申报表，将“免抵退税不得免征和抵扣税额”与“免抵退出口金额”抄下后做增值税申报，完成重新录入正确的增值税申报数据到系统中。（此办法为懒人方法，也可通过出口退税的基本原理来计算“免抵退税不得免征和抵扣税额”，可能有小数点差异，生成报表的过程再修正）
11. 根据税局的要求打印报表（A3），生成汇总申报数据。连同收齐的报关单、出口发票一起递交给税局。出口退税申报完工。
vii. 企业所得税
1. 每个季度结束，将资产负债表与利润表填入“电子报税申报系统”，生成报表文件，通过税企通系统发送给税局。（部分地方是通过上门申报的）
2. “广东省企业所得税申报系统”中录入“季度表报”，生成文件上传到国税网中，如果是盈利则需要预缴所得税，在网站中直接点扣款。
3. 每年审计完成后，根据事务所的“所得税汇算清缴”报告，在“广东省企业所得税申报系统”中填写年度申报表，连同审计报告与其他税局要求的资料递交给税局。
viii. 个人所得税
1. 根据工资资料导入到“个人所得税申报系统”中，这个就不详细说了，后续再写其他日志更新。
2. 生产申报文件上传到地税网站中。
ix. 其他税费（这个再出口退税跟增值税申报都完成后再做）
1. 抄下当月收入金额、出口退税申报表中的“当期免抵税额”，增值税申报表中应交税金金额。
2. 进入地税网站根据相关信息申报一下税种：（基本上就是在网站中填收入金额、应交增值税金额，其他都是自动计算。注意，这里的应交增值税是指增值税申报表中的应交增值税+出口退税申报表中的“当期免抵税额”得出的。
a) 堤围费 收入*0.07%
b) 城建税及教育费附件 （应交增消营+免抵税额）*（5%+3%）
c) 地方教育费附加 （应交增消营+免抵税额）*2%
d) 印花税 （收入+进口金额）*0.03% 税法上规定是签合同的就需要缴纳印花税，但是如果没有签呢？很少企业交足，但是不交足随时给税局秋后算，还要交滞纳金。自己想吧。
e) 个税所得税跟社保。申报社保数据的时候需要将上上月的资产负债表利润表上传才行。（4月10日申报，需上传2月报表）
x. 财政局网上外经报表填写。
四、 年度工作
a) 所得税汇算清缴（在所得税的介绍中已经说了）
b) 代码证年审。按要求填一个表格，将资料带齐就行。
c) 外汇管理局的外汇年审
i. 取得审计报告后在“直接投资外汇管理信息系统”录入数据并上报
ii. 外管局初审后按要求拿相应的资料到外管局审核就行
d) 联合年检
i. 取得审计报告后上联合年检网站填写数据并指定审计的事务所
ii. 事务所审核通过上报报表
iii. 后续的事情基本就等反馈，其中财政局的需要到网上外经中下载一个报表文件，填写完毕后交到当地财政所即可年审通过。
e) 工商年检
i. 有个单独的年检网站，填报数据跟联合年检的数据基本一致，上传数据后等工商初审结果.
ii. 初审通过后拿一大堆资料和工商登记证副本到市工商局年检。这个年检最麻烦，要求最多，签字歪点都不行。一次通过算比较好运，两次正常，三次可以接受……就是为了副本上的一个年检小章章~^-^
一口气写那么多，不知道有没有遗漏，暂时想起就那么多。详细操作都有各种各样的帮助文档和通知，所以我这里就没有一一说明，后续有时间我再将一些常规操作做一个图文说明，或者将一些遇到的问题总结总结，重点是有时间，呵呵。
追问我能不能弱弱的问一句，你上面有提到输入不开票但是也应纳税的收入，其实，很少有单位会这么做吧，大家不开票，不就是为了不交税吗
追答这个只有自行领会了。我这里输入的不开票收入是公开的，是公司卖一些边角料，既然对外账务上都反映有这么一笔营业外收入了，当然该交的税还是申报了好。