1、行政不同
自然村是由村民经过长时间在某处自然环境中聚居而自然形成的村落；一般情况下它只有一个姓氏，是同一个祖宗的子孙后代，有相同的血缘关系。它受地理条件、生活方式等的影响。比如在山里头，可能几户在路边居住几代后就会形成一个村落，这就叫自然村。
行政村是依据《村民委员会组织法》设立的村民委员会进行村民自治的管理范围，是中国基层群众性自治单位。
2、包含范围不同
自然村是农民日常生活和交往的单位，但不是一个社会管理单位。与自然村对应的概念是行政村。村是一个包括农业生产资源、以农业为主要生产方式的人口居住群落。
行政村是乡级政府管理的一个村级行政单位，一般由一个大一些或几个小一些的自然村组成，这些自然村各有各的名字，但他们受一个领导班子领导，主要领导是村党（总）支部书记、村委会主任。在参与政务、经济等活动时一般按一个单位对待。
3、管理制度不同
行政村的管理实行的是村民自主管理，权利在于村民委员会。
在城镇有居民委员会，居委会的工作基本属于服务型，因为其行政权利基本由街道办事处负责。村民委员会是村一级的最高权利机构，和行政权利概念较模糊，因此可以说农村和农民的管理并没有纳入国家行政机构，毕竟是可以说农民是团结对象，当然好的一点是农民可以自治，属于自治组织。
参考资料：百度百科-行政村
参考资料：百度百科-自然村