13集（姆克儿加油！）姆克儿 进化 姆克鸟
剧情简介：在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟神奇宝贝的女性「夕雁」。
经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟神奇宝贝的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟神奇宝贝数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！
85集（缘之时装大会！通往神奇宝贝风格设计师之路）天蝎 进化 天蝎王
剧情简介：抵达缘之市的小智一行人，前往缘之道馆挑战上次因为道馆训练家不在而无法进行的道馆赛。但是，这次又因为道馆训练家不在所以无法对战，让小智非常沮丧。这时候，偶像神奇宝贝风格设计师芭莉丝与「兔子神奇宝贝」长耳兔一同现身。
接著，看到小光的卷卷耳之後，她建议小光去参加明天举行的缘之时装大会。缘之时装大会是开放给所有人参加的神奇宝贝手工流行饰品发表会，而且，赢得优胜的话还可以登上神奇宝贝流行志成为特写人物。结果小光要让卷卷耳参加，小智也不知怎麼的决定让皮卡丘出场，但是…到底会怎麼样呢？
100集（劲敌训练家 阿驯登场！）草苗龟 进化 树林龟
剧情简介：为了这次一定要和梅丽莎进行道馆赛，小智一行人再度来到缘之市。此时突然有个陌生训练家撞了过来！但是，那个训练家撞到人还毫无歉意，叫著「在搞什麼啊！」就跑走了。一时目瞪口呆的小智他们也记起「目的是道馆赛！」而重新鼓起斗志，结果却又白跑！
因为挑战一再受阻而失望的走在路上时，又再度与人相撞了！抬头一看就发现眼熟的身影。他的名字叫阿驯，看来是与搭挡帝王拿波一起以成为世界上最强的训练家为目标，而且还说崇拜的对象是真司！？小智到底要怎麼办呢？
118集（激烈冲突！象牙猪VS波士可多拉！！）姆克鸟 进化 姆克鹰
剧情简介： 朝著切锋市前进的小智一行人，正穿越广大的森林。半路上发现水壶已经没水可喝的小光，一个人去装水。此时，波士可多拉突然出现出现在小光眼前，并且发动攻击！慌张逃命的小光在混乱中摔落山崖，被河水冲走了！
努力游上岸的小光，为了找小智他们而进入森林。结果，波士可多拉又出现了！认为逃跑无法解决问题的小光决心应战，她选择的是唯一能与重量级的波士可多拉对抗的象牙猪！但是象牙猪又不听话了。小光与象牙猪，到底能不能渡过这次危机呢！？
132集（ 森林之王！巨蔓藤！！）小火焰猴 进化 猛火猴
剧情简介：小智一行人朝睡莲镇继续旅行。小光为了准备华丽大赛，与象牙猪努力练习。但是，并不习惯表演绝招的象牙猪失败连连，最後还闹彆扭跑到森林里去了！它被急忙追上的小光说服，正要回去找大家的时候，草丛里出现有东西再动的声音！
象牙猪与小光警戒起来，接著眼前突然出现"藤蔓神奇宝贝"巨蔓藤，还以「吸收」攻击过来！象牙猪因为力量被夺走而动弹不得，但是巨蔓藤却不知为何靠了过来，留下了香柚！夺走力量又帮忙回复。这到底是怎麼回事！？
166集（集神奇宝贝保育家！席多蓝恩救援作战）树林龟 进化 土台龟
剧情简介：持续旅行的小智一行人在河边稍作休息，却发现从河的上流漂来一只"大颚神奇宝贝"大力鳄。仔细一看，它的背上似乎有什麼东西！急忙上前查看的小智等人看见的，是一名失去意识的少年！清醒过来的少年说他是神奇宝贝保育家夏也，正在执行某项特别任务！
可是，神奇宝贝保育家最重要的道具、本来在夏也手腕上的「捕猎游标」消失了！小智一行人见状，主动提意要帮忙。到底这个任务，能不能完成呢！？
在13集（姆克儿加油！）姆克儿进化姆克鸟。
剧情简介：在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟神奇宝贝的女性「夕雁」。
经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟神奇宝贝的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟神奇宝贝数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！
超世代
城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分开了。
小智重新出发，因为想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：
一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，改挑战故乡关都地区的对战开拓区。
另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。
本回答被网友采纳DP第013集：小智的姆克儿进化成姆克鸟，DP第118集：小智的姆克鸟进化成姆克鹰并学会近身打。
DP第085集：小智的天蝎进化成天蝎王。
DP第100集：小智的草苗龟进化成树林龟，DP第166集：小智的树林龟进化成土台龟并学会叶暴风。
DP第132集：小智的小火焰猴进化成猛火猴并学会音速拳，DP第163集：小智的猛火猴进化成烈焰猴。
DP第182集：小智的火球鼠进化成火岩鼠并学会喷火。本回答被提问者采纳