企业内部会计控制出现主要的问题如下：
(一)出纳编制记账凭证
翻开企业、单位的会计凭证，大多数企业、单位记账凭证下边的“制单”处盖着出纳人员的名章，说明了编制记账凭证的人员是出纳员。记账凭证是登记账簿的主要依据，由负责货币资金收付工作的出纳编制，显然与内部牵制制度要求的钱账分管不相吻合。
(二)出纳核对编制银行存款余额调节表
月底与银行对账，核对企业账面银行存款数与银行对账单数是否一致，找出未达账项，编制银行存款余额调节表，同时对未达账项形成的日期、性质进行分析，弄清未达的原因，采取措施，使之及时到户入账。这项工作在我市的许多企业、单位是由出纳完成，造成了企业、单位未达账项长期悬空;有的因金融机构已经撤销合并，给后来的对账工作带来了极大的麻烦，给企业、单位带来不应有的损失，还有个别出纳长期挪用公款，视同未达账项未被发现。
(三)稽核由事前转到事后，失去了事前控制的作用
由于忽视了稽核的重要性，报销程序被颠倒为领导先签字，出纳再付款，最后稽核的报销程序。当经济业务发生后，经办人先找领导签字，而不找稽核人稽核再找出纳报销，稽核人再稽核时已经毫无意义了，有的企业、单位根本就没有稽核。有的企业收受大量的不合法票据，如：过期发票、白条、事业收费用结算凭证等，从开支标准上看，也存在着违反开支制度的现象。
(四)出纳员事后补盖“收讫”、“付讫”章
在会计基础工作规范化验收时，出现许多企业单位的出纳员补盖“收讫”、“付讫”章。还有的在月底、年底账务处理全部进行完后，为了迎接检查验收，补盖“收讫”、“付讫”章。由于收付款的时间与盖章时间脱节，多收、多付或少收少付的现象就在所难免。个中原因无从查找，有时给别有用心的人以可乘之机，偷得未盖“付讫”章的票据重复报销，给出纳本人和企业单位带来不应有的损失。
(五)出纳管银行全部颓留银行印鉴的“便捷”工作方式
有的企业单位为了方便工作，把留存银行签发付款凭证的印鉴全部由出纳员一人保管。诚然，这种做法确实方便了工作，但由此带来的负面效应远远大干它的便利：工作透明度差，容易出现营私舞弊的现象，诸如出纳挪用公款炒股、擅自放贷、贪污公款、携款外逃等。
(六)实物盘点登记代替财产清查
由于认识上的不足，或行动上的懒惰，我市几乎所有事业单位和企业的财产清查工作都在年底对实物进行一次盘点登记。这无论从财产清查的范围，还是财产清查程序上来讲，都远远达不到财产清查的目的要求，致使企业、单位财产账实不符，家底不清。
上述种种现象存有弊端，造成企业单位内部控制失控，容易给用心不良的人以可乘之机，给企业、单位及国家带来损失，必须予以纠正
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