我是学公共卫生管理的，我想我比较有发言权。
首先，先解释两个专业：食品科学与工程：
业务培养目标：本专业培养具有化学、生物学、食品工程和食品技术知识，能在食品领域内从事食品生产技术管理、品质控制、产品开发、科学研究、工程设计等方面工作的食品科学与工程学科的高级工程技术人才。
业务培养要求：本专业学生主要学习化学、生物学和食品工程学的基本理论和基本知识，受到食品生产技术管理、食品工程设计和科学研究等方面的基本训练，具有食品保藏、加工和资源综合利用方面的基本能力。
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1．掌握生物化学、食品化学、微生物学的基本理论与实验技术；
2．掌握食品分析、检测的方法；
3．具有工艺设计、设备选用、食品生产管理和技术经济分析的能力；
4．熟悉食品工业发展的方针、政策和法规；
5．了解食品储运、加工、保藏及资源综合利用的理论前沿和发展动态；
6．掌握文献检索、资料查询的基本方法，具有初步的科学研究和实际工作能力。
主干课程：
主干学科：化学、生物学、食品科学与工程。
主要课程：有机化学、生物化学、食品化学、微生物学、化工过程与设备和食品技术原理。
主要实践性教学环节：包括工艺实验、课程设计、生产实习、毕业实习、毕业设计(论文)等，一般安排30周。
修业年限：四年
授予学位：工学或农学学士
相近专业：食品科学与工程 轻化工程 包装工程 印刷工程 纺织工程 服装设计与工程 葡萄与葡萄酒工程 食品质量与安全
而 生物技术专业：
业务培养目标：本专业培养具备生命科学的基本理论和较系统的生物技术的基本理论、基本知识、基本技能，能在科研机构或高等学校从事科学研究或教学工作，能在工业、医药、食品、农、林、牧、渔、环保、园林等行业的企业、事业和行政管理部门从事与生物技术有关的应用研究、技术开发、生产管理和行政管理等工作的高级专门人才。
业务培养要求：本专业学生主要学习生物技术方面的基本理论、基本知识，受到应用基础研究和技术开发方面的科学思维和科学实验训练，具有较好的科学素养及初步的教学、研究、开发与管理的基本能力。
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1．掌握数学、物理、化学等方面的基本理论和基本知识；
2．掌握基础生物学、生物化学、分子生物学、微生物学、基因工程、发酵工程及细胞工程等方面的基本理论、基本知识和基本实验技能，以及生物技术及其产品开发的基本原理和基本方法；
3．了解相近专业的一般原理和知识；
4．熟悉国家生物技术产业政策、知识产权及生物工程安全条例等有关政策和法规；
5．了解生物技术的理论前沿、应用前景和最新发展动态，以及生物技术产业发展状况；
6．掌握资料查询、文献检索及运用现代信息技术获取相关信息的基本方法；具有一定的实验设计，创造实验条件，归纳、整理、分析实验结果，撰写论文，参与学术交流的能力。
主干课程：
主干学科：生物学
主要课程：微生物学、细胞生物学、遗传学、生物化学、分子生物学、基因工程、细胞工程、微生物工程、生化工程、生物工程下游技术、发酵工程设备等。
主要实践性教学环节：包括教学实习、生产实习和毕业论文(设计等，一般安排10-20周。
修业年限：四年
授予学位：理学学士
相近专业：生物科学 生物技术 生物信息学 生物信息技术 生物科学与生物技术 动植物检疫 生物化学与分子生物学 医学信息学 植物生物技术 动物生物技术 生物工程 生物安全
了解了两个专业，你该明白前者重食品业，可以到食品加工厂或是运气好到食品卫生监督行业上去工作。后者偏重生物甚至医学遗传之类的课程，难度大，偏重理论，但潜力也大，因为谁也不好说未来的中国是什么样子。确实可能进药厂，或搞科研，因为它不重视生产。
你也提到了你是想以后要找个好工作，所以我建议你选前者，食品科学与工程专业。
其次，你应该早晚会明白上哪个专业并不一定会作哪个专业的工作。好的大学深造后会让你更好的成长。
结合你个人没有讲清楚的家庭状况，个人兴趣爱好，家人社会关系等因素，我想你应该会有答案。
如果还不清楚，我的QQ:609907393.小灵通0319-2300702愿意在我有空时无偿回答你的问题，因为我以前经历过，理解你现在的心情，但不负法律责任的啊。呵呵....
参考资料：搜狐高考站