魏晋时期道教神仙已十分庞杂，但散乱无序。到了南朝梁代，著名道教理论家陶弘景写的《真灵位业图》作为第一个较为系统的道教神谱，开始出现。在这神谱中，陶弘景将神仙分为七个等级，每个等级设一中位，有一个神仙主持，中位之外又分设左位，右位若干席位，安排诸神。七个等级高低有别，以第一等级为最高，以此分级，秩序井然。各等级除了中位主神外，还有左右诸位神仙，数量各不相等，如第一等级左位29神外，右位19神。第三等级左位50余神，右位30余神。这些左右诸神仙，有的是历史上的帝王、将相或圣人先贤，如第三等级的孔子、颜回、庄子、第七等级的秦始皇、汉高祖、齐桓公、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。有的是道教著名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教大理论家。有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子等等。总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有无人知晓的人物，难以考其来源，有的与道教关系不大，像孔子也拉进神谱，显得不伦不类。除陶的神谱外，还有各种不同的神谱，其结构和内容也互有出入。
陶弘景的《真灵位业图》神谱只是上清派一家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金阙帝君等为最高神，灵宝派以元始天尊、太上老君地位为最尊，而天师道则尊老子为最高神。三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型。
“三清”尊神的建立，却经历了一较长的发展过程。道教初创时，是以老子为其始祖，称之为太上老君又称太上道君，尊奉为最高神灵。例如于吉等人所编的《太平经》和张陵等人所造作的道书，皆托名为老君所授，直至北魏寇谦之所撰的《云中音诵新科之诫》和《录图真经》以及他的“天师”称号，皆托名老君所赐。这是包括太平道和五斗米道在内的早期道教的一个共同特点。乃至以后的全真道道统渊源，仍称太上老君传于金母,金母传白云上真,白云上真传王玄甫，王玄甫钟离权,钟离权授吕洞宾和刘海蟾，吕洞宾授王重阳,重阳授北七真。将全真道统上溯到老子，并尊王玄甫为全真道的始祖。及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上大道君的弟子看待。这种分歧，在《魏书·释老志》和《隋书·经籍志》对道教的介绍中，便可明显地看出来。《魏书》卷一百一十四《释老志》说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗；下在紫微，为飞仙之主。”[3]②这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。《隋书》卷三十五《经籍志》四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。所度皆诸天仙上品，有太上老君……。”①这明显是以元始天尊为最高尊神，太上老君也是元始天尊所传度的弟子之一，代表上清派的思想。
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在《云笈七笺》卷六《三洞经教部》之《三洞并序》里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”③那末，在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢?故道教又有“一气化三清”之说。在上引《九天生神章经》里即含有三清皆由道气所化之意，在《三洞并序》中说：“又三洞之元，本同道气；道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”④即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢?则又有不同说法。一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。如大约为东晋或南北朝初年出世的《太真科》就说：“三天最上号日大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。一日清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三日大赤天太清境，玄气所成。”①这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由元始天尊一气所化，上清派道士多主张之。《三洞并序》引证《业报经》和《应化经》说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说《洞真经》十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说《洞玄经》十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说《洞神经》十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”②这就说，三洞尊神都是元始天尊在不同时期的化身，三洞经书也都是元始天尊在不同时期所说，这样对道教各派便不会产生等级高下之分，导致教派之间的矛盾了。不过这很明显是代表上清派的说法，《隋书·经籍志》采用之。道教的另一种说法是认为，三清是由老子一气所化，这主要以天师道为代表的道士们的思想。这种思想，其渊源甚早。早在道教正式产生之前，就开始对老子进行神化。东汉明帝(57_75在位)、章帝(76—88在位)之时，益州太守成都人王阜所作的《老子圣母埤》即称：“老子者，道也。乃生于无形之先，起于太初之前，行于太素之元，浮游六虚，出入幽冥，观混合之未别，窥清浊之未分。”[4]①这里便把老子与道合而为一，而道是天地万物的根源，因而老子也就自然成为造物主，当然也就是至高无上的神灵了。早期道教继承并继续发挥了这一思想。在道教早期经典《太平经》中便说：“老子者，得道之大圣，幽明所共师者也。应感则变化随方，功成则隐沦常住。住无所住，常元不在。……周流六虚，教化三界，出世间法，在世间法，有为无为，莫不毕究。”[5]②传为张陵(或张鲁)所作的《老子想尔注》，也把老子作为道的化身，称“一者，道也”，“一散形为气，聚形为太上老君”[6]③。《云笈七簸》卷一《道德部》之《总叙道德》引葛玄《五千文经序》说：“老君体自然而然，生乎太无之先，起乎无因，经历天地，终始不可称载，穷手无穷，极乎无极也，与大道而轮化，为天地而立根，布气于十方，抱道德之至纯，浩浩荡荡，不可名也。……堂堂乎为神明之宗，三光持以朗照，天地禀之得生……故众圣之所共宗。”④其后南宋谢守灏所撰编的《混元圣纪》、《太上老君年谱要略》、《太上混元老子史略》等著作中更反复地说：“太上老君者，大道之主宰，万教之宗元，出乎太无之先，起乎无极之源，经历天地，不可称载，终乎无终，穷乎无穷者也。其随方设教，历劫为师，隐显有无，罔得而测。然垂世立教，应现之迹，昭昭然若日月。”⑤又说：“太上老君，乃大道之宗祖，三才之本根也。”⑥又说：“太上老君，乃元气之祖，万道之宗，乾坤之根 本，天地之精源。”⑦又引唐尹文操的话说：“老子者，即道之身也，迹有内外不同，由能应之身或异也。”①并称他“秉生成之柄，镇造化之原，故在天为众圣之尊，在世为万教之主。谓之老子者，道之形也，应既不一，号亦无量，或三十六号，或七十二名。”②又说：“老君在天皇时，号玄中大法师，亦日通玄天师，出《洞真经》一十二部，以无极大道下教人间。在地皇时，号有古大先生，出《洞玄经》一十二部，化人以无上正真之道。在人皇时，号盘古先生，出《洞神经》一十二部，化人以太平无为之道。”③
按照这种说法，则是三洞经书，皆由老子所造作。不仅如此，甚至还说：“老君于三皇时说经，世谓之《三坟》之书，久失其传，兼累世所说经，多藏琼室瑶台，或秘龙宫海藏，神真保护，世莫得闻，今所传者，太山一毫芒尔。”④这就是说，三洞之外的众多经书，也系老子所造。我们知道，道教是以道为最高信仰，以修道成仙为最终目的，这是一切道派的共同思想，也是道教和其他宗教的根本区别，天师道一系从东汉以来即将老子看作是道的化身，老子与道是一是二、二而一的。“道”是天地万物的根源，因而作为“道”的化身的太上老君老子，自然也就成为“混沌之祖宗，天地之父母，阴阳之主宰，万神之帝君”，当然也就是道教的最高神灵了。那末，老子一气化三清之说，也就不言而喻了。但在《太上混元老子史略》卷下又有“老君日：夫三洞宝经，皆三清之上道也，吾昔受之于元始天尊”⑤的一段话与全文主题不类，应是宋朝上清派昌盛掌权编辑《道藏》时所添改的观点。魏晋道教有另两种创世说存在，一种也就是元始天王创世。另一种是太上老君创世，也是被历代皇帝推崇与说的最多的。不过，唐代四川“三宝窟”开始供奉道教神像。 三清道祖就是‘玉清-元始天尊’、‘太清-道德天尊’、‘上清-灵宝天尊’，统称：“三清道祖”。
三清是玉清、上清、太清的全称，是道教的最高尊神。
据道书记载，由混洞太无元之青气，化生天宝，又称元始天尊，居清微天之玉清境，故称玉清。由赤太无元玄黄之气，化生为灵宝君，又称灵宝天尊，居禹余天之上清境，故称上清。由冥寂玄通元玄白之气，化生为神宝君，又称道德天尊，即老君，居大赤天之太清境，故称太清。三君各为教主，称为三洞尊神，为神王之宗，飞仙之主，统御诸天神，宇宙万物都是它们所创造。古书说，三清尊神生于天地之先，其体常存不灭。三清之说初于六朝，极盛于唐末。又有人说，三清都是元始天尊的化身。说：“元元圣祖，八十一次化为老君，八十二次变玄武，故知玄武者，老君变化之身。”
元始天尊生于宇宙混沌之时，那时宇宙无形、无气、无物，元始一气分真化气，以一气化而为三 ，在虚无自然之大罗天境，分化为元始、灵宝、道德三位天尊，此一气亦称元始祖气，也有尊称为元始天王。元始天尊住在玉清圣境清微天，亦称‘无形天尊天宝君’；灵宝天尊居于上清真境禹余天，亦号‘无始天尊灵宝君’，道德天尊居于太清仙境大赤天，亦号‘梵形天尊神宝君’。三位天尊统称为“道”，亦称“三清”，是道教最高神祇。而每位天尊相距，各历七千余劫四十一亿年，并各讲述经典十二部，分为洞真、洞玄、洞神，合称三十六部尊经，广传于人间点渡众世人，这就是道教的全部经典，故为道教的开教之神。
道祖老子说：“道生一、一生二、二生三，三生万物。”由此可以知道三清道祖就是宇宙生成的本体。
民间举行道教仪式时，必将此三清的画像挂于祭坛正殿之上，以示遵守教规。 4.酒名。即清酒。 晋潘岳 《桔赋》：“三清既设，百味星烂。” 唐骆宾王《初秋登王司马楼宴得同字》诗：“缔赏三清满，承欢六义通。”参见“三酒”。
5.一种以松实、梅花、佛手和雪水烹沏之茶。 清陆以湉《冷庐杂识·玉泉雪水》：“遇佳雪，必收取。以松实、梅英、佛手烹茶，谓之三清。”
6.三位清廉的人。 明陈道亨， 新建 人， 万历 十四年进士，官 南京 吏部郎中。同里邓以赞， 衷贞吉亦官南京 ，为官皆清廉，人号“江右三清”。见《明史·陈道亨传》。 元始天尊约在晋代才在道教神系中出现。它被说成是由赤混洞太无元的青气化生的。每到劫数终尽，天地初开，就出来传授秘道，开劫度人。原始天尊创立阐教,其手下有十二大弟子,分别为:
九仙山桃园洞广成子
太华山云霄洞赤精子
二仙山麻姑洞黄龙真人
夹龙山飞云洞惧留孙——后入释成佛
乾元山金光洞太乙真人
崆峒山元阳洞灵宝大法师
五龙山云霄洞文殊广法天尊——后成文殊菩萨
九功山白鹤洞普贤真人——后成普贤菩萨
普陀山落伽洞慈航道人——后成观世音大士
玉泉山金霞洞玉鼎真人
金庭山玉屋洞道行天尊
青峰山紫阳洞清虚道德真君 灵宝天尊在道教神系中出现，则晚于元始天尊，是南北朝时才有的。它被说成是由混太无元玄黄之气所化生，又称太上大道君，也随劫运出法度人。
1.酒名。即清酒。 晋潘岳 《桔赋》：“三清既设，百味星烂。” 唐 骆宾王 《初秋登王司马楼宴得同字》诗：“缔赏三清满，承欢六义通。”参见“ 三酒 ”。
2.一种以松实、梅花、佛手和雪水烹沏之茶。 清 陆以湉 《冷庐杂识·玉泉雪水》：“遇佳雪，必收取。以松实、梅英、佛手烹茶，谓之三清。”
3.三位清廉的人。 明 陈道亨 ， 新建 人， 万历 十四年进士，官 南京 吏部郎中。同里邓以赞 ， 衷贞吉亦官南京 ，为官皆清廉，人号“ 江右三清”。见《明史·陈道亨传》。
[中国神话-道教篇 第二期]三清道祖。玉清元始天尊、 上清灵宝天尊、太清道德天尊。