有关黑死病的最早记载是在1348年由一名叫博卡奇奥的佛罗伦萨人记录下来的。而在历史中对黑死病特征记录，有一些是关于淋巴腺肿的描述，与19世纪发生于亚洲的淋巴腺鼠疫相似，这就使得一些科学家与历史学家推测自14世纪开始的黑死病与鼠疫相同，都是由一种被称为鼠疫杆菌的细菌所造成。这些细菌是寄生于跳蚤身上，并借由黑鼠等动物来传播。
不过由于其他疾病也有可能产生淋巴腺肿，因此也有人提出不同观点。除此之外，黑死病在欧洲横行的起因也一直有争论。一般人们认为1346年，蒙古大军进攻黑海港口城市卡法（现乌克兰城市费奥多西亚）时，曾用抛石机将患鼠疫而死的人的尸体抛进城内，这是人类历史上的第一次细菌战。欧洲人则在此之前从未接触过鼠疫，于是发生了大的瘟疫。在卡法的一个热那亚商人将带病的跳蚤带到意大利，于是鼠疫在欧洲广泛传播，变成了令人闻之色变的“黑死病”。
但也有说法认为鼠疫是丝绸之路上的商人把病菌带到中东，然后又传播到欧洲的。所以瘟疫沿着欧亚丝路由东往西横行。还有人说引起瘟疫的病菌是由藏在黑鼠皮毛内的蚤携带来的。另外据考证，黑死病的大爆发也与中世纪欧洲大量屠杀猫类有关。欧洲人认为猫是女巫的宠物和助手，所以猫被大量消灭。而黑死病重要的传播媒介老鼠则在这条断裂的生物链中以几何数量增长，为黑死病的爆发创造了最重要的条件。
面临死亡的人们
欧洲的黑死病