南京航空航天大学全日制会计专业研究生的学费标准为每生每年8000元。此外，非全日制会计专业研究生的学费标准为教育硕士4.5万元/生，社会工作硕士4.5万元/生，新闻与传播硕士6万元/生，电子信息、机械、材料与化工、能源动力、土木水利、交通运输硕士4.5万元/生，翻译硕士3.9万元/生，工程管理硕士15.8万元/生，工商管理硕士18.8万元/生(国际班21.8万元/生)，会计硕士16.8万元/生，法律硕士5.5万元/生(以最终物价备案为准)。
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