1、生产许可证
2、登记证
3、标准证
但并不是所有的肥料都有三证：
一、需要办理肥料工业产品生产许可证的肥料
复混肥料（复合肥料）、掺混肥料（BB肥）、有机-无机复混肥料、磷肥产品（过磷酸钙、钙镁磷肥、钙镁磷钾肥）、对于在过磷酸钙、钙镁磷肥、钙镁磷钾肥产品的基础上采取机械造粒、添加辅助营养成分（有机质、氨基酸、中微量元素、稀土元素等）等措施进一步加工形成的产品，如有机磷肥、稀土磷肥、粒状磷肥和氨基酸磷肥等，不管名称如何，都应申请生产许可证（XK+编号、QS）。此证由质检部门发放，可到相应网站上查询。
二、需办理肥料登记证的肥料
一般凡用于农业的复混肥、配方肥、包装肥、叶面肥、微生物肥、精制有机肥、土壤调理剂、植物生长调节剂以及登记后因名称、商标、成分、剂型发生改变的肥料产品需要登记。其中叶面肥、微生物肥需农业部登记。此证由农业部门发放，可到相应省级以上网站上查询。