食品流通许可证和营业执照都是在工商局办的，但由两个职能股室完成，有的地方是在一个办事窗口中完成。办理的顺序是先办食品流通许可证，后办营业执照。
食品流通许可证管理办法中规定：
第十条 申请领取《食品流通许可证》，应当提交下列材料：
（一）《食品流通许可申请书》；
（二）《名称预先核准通知书》复印件；
（三）与食品经营相适应的经营场所的使用证明；
（四）负责人及食品安全管理人员的身份证明；
（五）与食品经营相适应的经营设备、工具清单；
（六）与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；
（七）食品安全管理制度文本；
（八）省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
申请人委托他人提出许可申请的，委托代理人应当提交委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明。
已经具有合法主体资格的经营者在经营范围中申请增加食品经营项目的，还需提交营业执照等主体资格证明材料，不需提交《名称预先核准通知书》复印件。
新设食品经营企业申请食品流通许可，该企业的投资人为许可申请人；已经具有主体资格的企业申请食品流通许可，该企业为许可申请人；企业分支机构申请食品流通许可，设立该分支机构的企业为许可申请人；个人新设申请或者个体工商户申请食品流通许可，业主为许可申请人。申请人应当在申请书等材料上签字盖章
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