现在演的是第2部,和漫画的剧情连上了,剧情如下
鸣人三年修行后回到木叶，这时遇到我爱罗被晓掳走，鸣人班参与和解救我爱罗的任务，到了砂后，小樱救了被蝎施毒的勘九郎，并和砂长老千代一起继续追逐我爱罗的踪迹。我爱罗被带到晓的据点，零用幻龙九封尽召唤出？，这需要晓所有成员花三天时间把我爱罗的尾兽抽出来，于是零派绝侦探情况。探得是凯班和卡卡西班参与营救后，鼬和鬼鲛分别用象转之术分出三分之一查克拉给傀儡分别和凯班和卡卡西班周旋。最终凯班和卡卡西打败他们后发现原来是傀儡，而这时我爱罗的尾兽已经被抽出来了。我爱罗体内的尾兽被抽走，被抽走尾兽只有——死。晓其它成员离开，留下蝎和迪达拉对付已在洞外的木叶救援组。
迪达拉想一人抓住身为九尾人力柱的鸣人，于是将我爱罗带出洞外，鸣人追出，卡卡西跟出。而小樱和千代面对的是千代的孙子蝎。千代和小樱逼出蝎的本体，发现蝎把自己做成了傀儡。小樱让千代婆婆用自己为傀儡，与蝎对抗，在最后，千代婆婆终于用蝎的父母做成的傀儡杀掉了蝎，并告诉小樱，其实蝎已经看穿了她的进攻，却没有动作而死在他父母的傀儡手上。蝎临死前做为对小樱杀死他的“奖赏”，告诉她十天后大蛇丸的间谍会和他接头的事。
另一边，迪达拉引出的鸣人却不好对付，卡卡用上了新式的万花筒写轮眼，让迪达拉更感到棘手。凯班赶到，迪达拉故技重施，用爆炸转移众人力量，但卡卡西用写轮眼让爆炸和迪达拉的手都转移到另一空间。
千代婆婆本是不相信同盟，只做对已有利事情的人，但她在鸣人的感化下改变了看法，千代与蝎战斗后，不急着解毒，反而追到鸣人，赶到我爱罗身边，她用禁忌的转生忍术让我爱罗复活，而自己却牺牲了。鸣人和我爱罗告别，回到木叶
在完成任务过程中，卡卡西发动万花筒血轮眼并精力消耗过多而住院中，于是暗部的大河代替卡卡西带领七班执行任务，与此同时，在木叶长老的要求下，暗部中的“根之忍者”佐井加入了鸣人班，“根之忍者”的主任团藏是反对三代火影的激进派。小樱和鸣人都很排斥他。他们根据蝎临死时的线索去和大蛇丸身边的晓的间谍接头，发现这个间谍原来是兜，但是兜却称他已经忠于大蛇丸了。中途众人的身份被大蛇丸发现了，于是大家和兜、大蛇丸进行了一场激斗。
最后佐井和大蛇丸一起去了他的老巢，鸣人和大家以为佐井是受了团藏的秘密任务和大蛇丸秘密接头，背叛了木叶。大河的分身也跟踪找到了这个地方，大家都进入大蛇丸的老巢，抓到貌似背叛了的佐井，佐井被鸣人感动，决定帮助鸣人一起把佐助带回木叶，佐井走后，大河和小樱发现了佐井的画册，并知道原来佐井的任务并不是背叛木叶和大蛇丸接头，而是为了木叶的安全去杀死佐助，但他们还是以为佐助还是想杀掉佐助。这时他们都赶到了佐助的房间，见到了佐助，可佐助却丝毫不为之动容。并且说和以前没关系了，上次没杀鸣人是因为不想按鼬的话来做的“心血来潮”，这次也要“心血来潮”杀了鸣人，说着毫无犹豫地欺身到鸣人跟前拔刀刺向鸣人……
这时佐井用刀挡住了佐助，但在佐助的千鸟流面前，大家都中招倒地，大河更被贯穿查克拉的剑刺伤。九尾在鸣人体内诱惑鸣人解除封印，释放出它的力量，鸣人拒绝，正在这时，佐助竟然看到了九尾，这就是写轮眼的力量？九尾也打量着佐助，称佐助的眼神和它曾经遇到的宇智波班(新出现人物)一模一样。佐助呲之以鼻，鸣人责问佐助为何如此，佐助称不管是他还是大蛇丸的力量都对付不了鼬，如果他成为大蛇丸的容器能杀死鼬报仇的话，怎么样他都无所谓，听到这里，大河准备认真对付佐助，佐助也想用他新的力量，可这时大蛇丸阻止了佐助，称以他们现在的力量对付不了晓，不如留下鸣人他们分散晓的力量，佐助这才放弃，和大蛇丸一起离开
回到木叶后，佐井继续留在七班，并让团藏保留他“佐井”这个名字（因为这个名字是为了执行这次任务才临时取的）。并开始学习人际关系（汗），想和鸣人他们和睦相处。七班一起去看望了医院中的卡卡西，把佐井介绍给了卡卡西，卡卡西决定训练鸣人新的技术，是“性质变化”的技术。在训练时要求鸣人用影分身，这样在一个星期之内可以将别人几年才能学会的技术学会，而这期间也需要唯一能抑制九尾力量的大河帮忙。
与此同时，晓的成员还在积极收集尾兽，先后又有二尾、三尾落入他们手中，木叶的火之寺也遭到飞段、角都、绝的洗劫，十二守护忍之一的住持牺牲。同时阿斯玛到三代墓前祭祀，这里揭示了他十二忍以及三代儿子的身份。而鸣人经过测试知道自己的属性是风，于是向同属性的阿斯玛请教修练技巧，得到阿斯玛的指点，受益匪浅，继续修练。而钢手也集合包括阿斯玛、鹿丸在内的新编制小队，参与追捕洗劫火之寺的晓成员。
鸣人终于能够用风属性割开叶子，卡卡西让鸣人继续练习割开瀑布，大和制造出瀑布让鸣人练习，这个的困难的练习让鸣人花了不少时间，晚上，毫无进展的鸣人辗转反侧，回想到佐助现在的状况，不由起身继续练习，第二天，卡卡西发现鸣人已经练习成功了。。。
阿斯玛带领的小队抵达了火之寺，却没有找到地陆的尸体，同行的和尚告诉阿斯玛，地陆的人头值三千万两，所以应该是晓成员用地陆的尸体交换悬赏了，并提醒和地陆一样同是“十二守护士”的阿斯玛小心，阿斯玛轻松笑到，自己的脑袋比地陆还多值五百万两，是不会容易就束手就擒的。只有鹿丸看在眼里知道阿斯玛心里并不轻松。之后阿斯玛下令分几个小队进行到黑市交易点，自己和鹿丸组成的小队赴最近的交易点追踪晓和地陆尸体。。。
练习完后，卡卡西请（实际上最后卡卡西以他的“好口才”让大和请了）鸣人吃拉面，并告诉他之后会有新的练习。练习中，卡卡西告诉鸣人“螺旋丸”的秘密，这是四代未完成的术，四代创造的当初是为了结合自己的属性将“形态变化”和“性质变化”结合而创造的，但是却没有成功。卡卡西也是，他虽然也会“螺旋丸”，并且会“雷切”，但是却无法将螺旋丸和雷切结合。卡卡希望鸣人完成这个四代也无法完成的术——甚至是根本不可能完成的术，并且相信鸣人能够完成。受激励的鸣人继续投入练习中。。。
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