南理工和南航各有优势，难以一概而论哪个更好。
1. 学科优势：
南京理工大学在兵器制造、化工等领域有着深厚的学科积淀和突出的研究实力。而南京航空航天大学则在航空航天、飞行器制造等方面有着明显的优势。两所学校在其特定的学科领域内都有卓越的表现和较高的学术声誉。
2. 科研成果：
南理工和南航在科研方面都有着显著的成果。南理工的科研实力体现在多个国家级项目中，多项技术达到国际领先水平。南航在航空航天领域的科研成果更是显著，为我国航空事业做出了重要贡献。
3. 校园环境：
两所学校都拥有优美的校园环境和先进的教学设施，为学生提供了良好的学习和生活氛围。此外，两所学校都位于南京这个经济发达、文化底蕴深厚的城市，为学生提供了丰富的实习和就业机会。
4. 就业前景：
南理工和南航的毕业生在就业市场上都有着良好的表现。由于南理工在工科领域的优势，其毕业生在制造业、工程等领域有着较高的就业率。而南航的毕业生则因其航空航天领域的专业知识，在航空、航天等高端技术领域有着广阔的就职空间。
综上所述，两所学校都有各自的优势和特色，无法简单地说哪个更好。学生应根据自己的兴趣、专业选择和未来发展目标来选择合适的学校。