在用途上，存根联一般是指已开具的发票用来存档的。存根联是一种票据凭证，放入记账凭证里，按规定是不应该另外保存，应由单独保管备查。
存根联不能当发票使用。
发票联是给对方用来做账的，抵扣联是给对方用来抵扣进项税额的，记账联是自己开完发票后用来记账的。
如何保管：
1、《中华人民共和国发票管理办法》规定，开发票的单位和个人应按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。
已开具的发票存根联和发票登记簿，应保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。擅自销毁发票存根联以及发票登记簿属于未按规定保管发票的行为。对此行为的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。
2、原始凭证的保管期限是15年，先可由会计部门保管一年，一年后编制移交清册给本公司的档案管理部门，保管期限到期后，应由该部门进行销毁。