学校东临闽江，西临乌龙江，南倚妙峰山，北靠淮安山，校园三面被繁茂的山林所环绕，形成开口向西的马蹄形丘陵谷地，全年气候冬短夏长，温暖湿润，有利于各类生物的生长和繁殖。
学校建有有芒果路、紫荆路、荔枝路、白玉兰路、龙眼路等。在学校的湖中有一个面积不到10平方米的小岛上，岛上有一株30多年树龄的南洋楹，在树上经常停着苍鹭、白鹭、红骨顶、白骨顶等鸟类。
学校在校园建设时，提出建设生态型校园，并决定建设了一个恢复性湿地公园，成就了福建省内高校唯一的湿地景观。公园不但为水生动植物提供了优良的生存场所，也为多种野生动物，特别是水禽提供了栖息、迁徙、越冬和繁殖场所。同时湿地公园还具有蓄洪防旱，调节学校及周边地区的气候，降解污染和净化水质的强大功能。
福建农林大学宣传部部长叶飞霞说：“我们都是被鸟鸣给叫醒的。”学校的自然绿地在整个生态校园的绿地系统中占主导地位，南、北两大山林形成的绿色屏障，为各种鸟类的栖息与迁移候鸟的落脚定居提供良好的环境。2003年，福建农林大学通过“绿色学校”的评估； 2007年获得“省级绿化模范单位”称号。 中华名特优植物园 “中华名特优植物园”，占地面积7万多平方米，模拟中国行政地图并按省划分为34个园，每个园分别种植该省在南方能正常生长的名特优植物、名特优花卉和名特优中草药等。每一种植物都附上相应的说明牌，注明学名、分类，并介绍其“名、特、优”的性状和功能。如“福建园”的高Z红豆杉，其紫杉醇含量是一般红豆杉的13倍；高T白茶，可使提高人体免疫力的干扰素分泌量增加5倍；高P葡萄，其抗氧化、抗衰老的原花青素含量是普通葡萄的98.9倍等。 观音湖 明末到大清到民国关于观音湖的记载都只有南池或半月池的名字。该水域原为乌龙江的内弯河，亦曾是贮木场。河水随江水涨落，河面十分广阔，东起体育场，西至作物学院，北起主楼前广场，南至下安村边，均为河水涨落之点。从瑞亭岑（映辉楼边的山口）下来有一条可供双人行走的石板小路穿过该湖中央，在原行政楼北边有一石拱桥，为科贡和西边村民往来通道。 沙滩主题公园
沙滩主题公园位于福州三环路西北段、福建农林大学西门外的乌龙江边，该公园分为休闲区、沙滩区、戏水区和游乐区。其中，休闲区绿树茵茵，繁花似锦，三角梅、百日草、矮牵牛等花草争奇斗艳。绿地下面，一排排的柳树植根于木栈道边，木栈道被贴心地设置了不同的高度，方便游人观赏。沙滩区面积为4万平方米，是福州面积最大的沙滩，沙子来自闽江。为了营造“水清沙白”的感觉，园林局在这一分区种植了不少棕榈科的植物，还建有热带风格的凉亭和摇椅供市民游玩。此外，在沙滩区设置运动项目配套设施，方便市民进行沙滩排球等运动。该公园被福州当地媒体称为“最美沙滩”。
