岗位性质不一样。公务员是行政编制，事业单位合同工没有编制，性质和公司员工一样。
工作内容不一样。公务员是国家政府工作部门的工作人员，具备行政执法权。事业单位是服务性质的单位。通常情况下不具备行政执法权。
晋升途径不一样。公务员编制晋升走级别，晋升途径一般是从科级、处级、局级到部级。而事业编制走的是职称，晋升途径一般是由初级工、中级工到高级工，岗位一般分为管理岗和技术岗，需与用人单位签订劳动合同。
薪酬待遇不一样。公务员的工资收入是按照《国家公务员管理条例》的规定发放，并根据国家财政状况进行调资，公务员享受的保险福利是按照《国家公务员管理条例》的规定执行。事业单位人员的工资收入一般不受国家约定，由各事业单位根据市场情况而定，事业单位人员享受的保险福利是按照国家有关的社会保障规定执行，一般要逐步实行社会化。