由公司代扣代缴的税包括以下：
个人所得税中，个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
增值税中，境外的单位或个人在境内销售应税劳务而在境内未设有经营机构的，其应纳税款以代理人为扣缴义务人；没有代理人的，以购买者为扣缴义务人。
营业税中，委托金融机构发放贷款，以受托发放贷款的金融机构为扣缴义务人。建筑安装业务实行分包或者转包的，以总承包人为扣缴义务人。
城市维护建设税中，增值税、消费税、营业税的代扣代缴、代收代缴义务人同时也是城市维护建设税的代扣代缴、代收代缴义务人。
资源税中，收购未税矿产品的单位为资源税的扣缴义务人。
消费税中，委托加工的应税消费品，由受托方在向委托方交货时代收代缴税款。
印花税中，运费结算付方应缴纳的印花税，应由运费结算收方或其代理方实行代扣汇总缴纳。运费结算凭证由交通运输管理机关或其指定的单位填开或审核的，当地税务机关应委托凭证填开或审核单位，对运费结算双方应缴纳的印花税，实行代扣汇总缴纳。
股份制试点企业向社会公开发行的股票，因购买、继承、赠与所书立的股权转让书据，办理股权交割手续的单位负有监督纳税人依法纳税的责任，并代征代缴印花税税款。