历史上，两国间一直存在着民族矛盾、教派冲突、领土纠纷以及历史遗留下来的各种争端。1980年9月，两伊战争全面爆发。战争共造成100多万人死亡，给两国人民带来巨大灾难。1987年7月，联合国安理会一致通过第598号决议，要求两伊立即无条件停战。伊拉克和伊朗先后宣布接受这项决议。1988年8月20日，长达8年之久的两伊战争结束。
战争结束后，两国仍然处于敌对状态。1990年海湾危机爆发后，伊拉克于当年8月17日正式宣布从伊朗领土撤军，10月两国恢复外交关系。尽管此后两国为改善关系作出积极努力，但双方在一些领域的分歧依然存在。
2000年以后，伊朗和伊拉克关系明显改善，特别是“9·11”事件后，因被美国列入“邪恶轴心”国名单，双方在政治、经济等方面的交流与合作不断加强。
2003年3月20日美国发动伊拉克战争后，伊朗强烈反对美国的武力行动以及美国在海湾地区的军事存在，呼吁联合国在伊拉克重建和未来政府组建上发挥主导作用。伊拉克战争后，伊朗积极支持伊拉克重建，向对方提供援助，并加强与其的经济合作。两伊政治经济关系逐渐升温。
2005年，两伊关系发展步伐加快。当年5月，伊拉克过渡政府成立。亲伊朗的什叶派达瓦党领导人贾法里执掌政府。为表示对贾法里政府的支持，伊朗外长哈拉齐5月中旬访问伊拉克，成为萨达姆政权垮台后访问伊拉克的伊朗最高级别官员。7月，伊拉克过渡政府总理贾法里访问伊朗。11月，伊拉克总统塔拉巴尼访问伊朗，成为近40年来首位访问伊朗的伊拉克国家元首。
2006年以后，两伊关系持续升温。伊拉克总理马利基于2006年9月和2007年8月先后两度访问伊朗。2006年11月，伊拉克总统塔拉巴尼时隔一年之后再度访问伊朗，寻求扩大双方在各领域的合作。两国高层互访进一步促进了双边关系的发展。
历史上，两国间一直存在着民族矛盾、教派冲突、领土纠纷以及历史遗留下来的各种争端。最主要原因。
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