慈溪市交通运输局根据其职能需求，设置了五个主要的内设科室，分别是：
办公室（挂行政审批科牌子）: 主要负责局内的政务协调，包括综合文稿起草、会议组织、文秘事务、保密档案管理、法制教育、建议提案处理、工作督查以及人事教育、工青妇、老干部管理和文明创建等工作。同时，该科室还负责制定和实施行政审批规章制度，处理行政许可审批事项。
计划财务科: 负责交通基础设施年度计划编制、年度预算编制，以及交通规费和通行费的管理。此外，该科室还负责建设资金监管、机关财务管理、资产管理以及统计工作。
运输管理科: 主导全市综合运输网和交通枢纽规划，指导城市客运、道路水路运输、站场经营和驾驶员培训等工作。此外，它还负责运输生产的组织协调、市场监督、执法管理、交通战备和安全生产节能减排工作。
建设管理科: 负责公路、水路发展规划的编制，与计划财务科共同管理年度投资计划。该科室负责基础设施建设和养护，监管路政、航政、港政执法，参与重大项目评估与验收，并负责交通工程质量监督和市场管理。
前期办公室: 负责交通工程项目的前期研究，编制各类研究报告，并负责项目立项、规划选址、环评等相关申报工作，以及政策处理协调。