我国股市现在实行的是核准制，核准制是指发行人在发行股票时，不仅要充分公开企业的真实状况，而且还必须符合有关法律和证券管理机关规定的必备条件，还对发行人是否符合发行条件进行实质审核。作为两种完全不同的证券发行监管制度，注册制与核准制从理念、实施效果、具体操作等层面皆有所区别，各有利弊。那注册制与核准制有哪些区别呢？
1、二者理念不同
注册制和核准制作为两种不同的证券发行监管制度，反映了不同的政府监管理念，实质就是政府在证券发行过程中到底应该扮演什么样的角色、发挥怎样的作用。在核准制看来，无论是证券发行者还是投资人都是有优劣之分的，不是所有人都有能力做出准确判断，因此需要政府进行裁决;而在注册制的支持者看来，在既定的制度下，只要个人和企业都具有完全的信息，也具有完全的理性，个人追求效用最大化，企业追求利润最大化，各种稀缺的资源在竞争中可以达到均衡状态。但无论是个人还是企业的理性同时也都是有限的，有限理性意味着没有人能够预见竞争市场中谁优谁劣，也就是说，在市场中证券的发行人与投资者处于平等对称的位置，没有人有资格对其优劣做出评判，包括政府。注册制下，政府不通过对证券质量的审查来决定是否批准证券发行，而是要求证券发行人提供全面的信息，由投资者自己来判断证券发行人及其发行的证券是否具有投资价值。这种理念充分尊重市场经济的自由、市场主体行为的自主、监管部门的规范与效率。
2、二者实施效果不同
注册制与核准制各有优劣，这也是二者长期并存的根源。注册制的优点在于：对证券发行者而言，所有有发行证券意愿的公司可以公平地获得发行证券的机会;对证券监管部门而言，形式审查缩短了证券审核和发行的时间，提高了监管部门的效率，降低了制度运行成本;对投资者而言，把证券的发行交由市场来选择有助于市场机制的培育和成熟，培养和提高投资者接受信息能力和理性投资能力，投资者的成熟理性是证券市场理性的根本所在。
核准制的优点在于：由于政府部门对证券市场的实质性监管，可以在一定程度上克服市场失灵，阻止经营管理不善的垃圾股票发行上市，并可通过发行证券实现产业倾斜，从而实现国家对经济的宏观调控。在市场经济发展初期，这种做法有助于稳定证券市场秩序，保障投资者利益。但是，政府进行实质性审核的缺点在于政府的理性也是有限的，存在监管失灵情形。姑且不论这种审核需要的技术性与专业性，即便不存在任何可以避免的失误，自由市场意味着不同个体对市场做出自己的主观判断，个体判断的差异性也正是自由市场值得向往的原因，因为自由的市场能够为个体充分展现自己全部的可能性提供足够的空间。在这个意义上，如果认为政府能够代替所有人思考判断就是对自由市场的否定。既然不当审核确实无法避免，而其结果可能是导致一些合格甚至优秀公司无法正常和公平地从证券市场筹资，也会让一些劣质公司进入市场，损害投资者利益和社会整体福利。另外，对投资者而言，政府对证券发行进行实质性的审核相当于政府对发行证券的隐形担保和背书，使投资者习惯性地形成投资判断依赖，在投资时容易受政府行为的影响，不进行审慎、独立的判断，难以建立自己的投资判断和责任意识。一旦政府审查有误，投资人难免蒙受损失。
3、二者具体操作不同
由于理念不同、特征不同，注册制与核准制在法律基础、市场结构、监管方式、审核机构、审核内容等方面都有所区别。