一、作用不同
1、专科医师：对加快我国医学教育国际化进程，引导医学教育健康发展和卫生行业人才的规范化培养，及今后实施专科医师准入制度做理论准备。
2、全科医生：全科医生执行全科医疗的卫生服务。又称家庭医师或者家庭医生，是健康管理服务的主要提供者。
二、特点不同
1、专科医师：一定要在卫生部门指定的专科医师培训基地里培训；有严格的培训时间和计划；专科医师培训本身带有一定强制性。
2、全科医生：全科医生具有独特的态度、技能和知识，使其具有资格向家庭的每个成员提供连续性和综合性的医疗，照顾、健康维持和预防服务。
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三、缺点不同
1、专科医师：如果只有纵向分化的专科医生，就无法形成完整、平衡、有效的卫生服务体系，不仅无法全面满足人民日益增长和变化的卫生服务要求，无法解决许多超出生物医学范畴、不能被明确诊断为疾病的健康问题，还会造成卫生资源的严重浪费。
2、全科医生：横向整合的全科医生却严重缺乏，甚至连培养全科医生的医学模式还没有建立起来。
参考资料来源：
/baike.baidu.com/item/%E4%B8%93%E7%A7%91%E5%8C%BB%E5%B8%88/2974610?fr=aladdin"target="_blank"title="百度百科-专科医师">百度百科-专科医师
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