50集 外交官杀人事件
剧情简介：服部平次用推理逼出凶手。虽然连凶手自己也承认了，但突然有声音说：“不对，凶手不是他！”——说这话的人竟然是新一！新一指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手。可是，在这之后，工藤新一又一次消失了…
162集 飞天密室 工藤新一最初的事件
剧情简介：阿笠博士抽奖抽中了旅行券，于是小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一一起去洛杉矶时在飞机上发生的杀人事件。那么这就是新一最初的一页…
190集 危命的复活 第三种选择
剧情简介：柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼。当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南出院后也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。死因是——氰酸钾！
191集 危命的复活 黑衣骑士
剧情简介：在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。原来由新出医生扮演的黑衣骑士却换成了……目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时意外的人物出现了！
192集 危命的复活 新一回来了
剧情简介：新一的出现圆满解决了案件。变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193集 危命的复活 约定的场所
剧情简介：虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？
219集 被召集的名侦探 新一 VS 怪盗基德
剧情简介：打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到一封附有支票的不明发信人的信函，并且在其上方还有一行奇怪的话语。
286集 工藤新一NY事件(事件篇)
剧情简介：解决了横滨中华街的命案之后，小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧，在剧场门口与明星莎朗汇合后，大家一起去参观开演前的舞台陈设，不想这时却发生了意外...
287集 工藤新一NY事件(推理篇)
剧情简介：幸运的是两人都没有受伤，演出也能顺利进行。然而，就在大家惊讶于华丽的舞台和逼真的场景时，烟雾缭绕剧场内却发生了命案，死者是话剧的男主角，案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线...
288集 工藤新一NY事件(解决篇)
剧情简介：之后，新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，如果利用这个的话凶手及其犯案手法都不难推断，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话...
572集 新一的真实身份和小兰的眼泪1
剧情简介：小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一，没想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主动承认自己的罪行，就在这时，死罗神出现。
第573集 新一的真实身份和小兰的眼泪2
剧情简介：死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化，幸亏灰原的及时赶到，新一才保住了秘密不被发现，在驱车回家的途中，一辆车很危险的在马路上行驶，当大家努力将其拦下后却发现开车的人已被人勒死。
574集 真正想知道的事
剧情简介：根据死者身上残留的余温，新一和服部推断出凶手就在这附近，他们借用偶然碰见的高木警官的权力封锁了收费站，并且很快将犯人锁定在三个人身上，之后，他们又在死者的车窗上发现了两个小孔，这无疑是揪出凶手的关键性线索，然而，灰原给新一的药即将失效，新一该如何应对？小兰一直吞吞吐吐想要告诉他的话又是什么？
617集 福尔摩斯的默示录（Love is 0）
剧情简介：为了尽快解开这张充满危险气息的暗号文字，柯南、阿笠博士、小兰和小五郎兵分两路分头调查，在贝克街福尔摩斯的雕像下小兰还遇到了著名网球选手格拉斯。下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起，破解第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。
618集 福尔摩斯的默示录 （撒旦）
剧情简介：来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现！在继续调查的过程中小兰从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。而之后通过与新一电话中发现了更多的线索。这时小兰和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波罗的协助下小兰留在教堂的纸片，而上面写着的就是接下来的线索。
621集 福尔摩斯的默示录 （0 is start）
剧情简介：小兰和小五郎按照指示来到了车站，就在这时阿波罗发现了在车站里奇怪的男人并得到了接下来的线索U字。之后小兰一行来到了接下来的提示的瓷器店而这时阿波罗和母亲一起离开剩下小五郎和小兰继续寻找线索。第二天在警方的要求下小兰众人继续破解没有完全解开的暗号，而就在众人解开暗号来到会场之后，柯南发现赛场上的米奈芭有些不对劲！
896集 手臂白皙的女人（前篇）
剧情简介：若狭老师不慎将话剧演出要用的屏风弄脏，柯南一行跟着若狭老师回到公寓帮忙重画，完工后隔壁房间传来了噪音，元太和柯南前去抗议时遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高尔夫运动员，若狭老师在早上听到了两人的争吵，而柯南已经确定了谁是凶手，现在只差找到关键的证据。
927集 红色的修学旅行～鲜红篇～
剧情简介：黑田管理官公事缠身最近显得很疲劳，白鸟警官建议他去露营场好好放松一下，正巧柯南一行人随若狭留美老师也要去露营。在露营场地，柯南他们遇见了几位白网大学篮球社的成员，队员漆原史昭与其他成员关系闹得很僵，篮球社经理古冈美鸟想借此露营机会让成员们彼此拉近感情。没想到晚饭过后，漆原史昭所在的帐篷突然着火，众人急忙灭火却为时已晚。
928集 红色的修学旅行～恋红篇～
剧情简介：警察开始调查帐篷燃烧的原因，篮球社的成员都有不在场证明。柯南从段野的证词那里发现了奇怪之处，黑田管理官也发觉了异样，这不是一起意外自杀，而是故意杀人事件。柯南从大家做的橡子挑担偶人得到了启发，怀疑是有人做了一个自动起火装置故意暗杀了漆原史昭。
013奇怪的寻人杀人事件(出现黑衣组织)
048外交官杀人事件(前篇) (出现服部平次)
049外交官杀人事件(后篇) (出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
054电玩公司杀人事件(出现黑衣组织)
057福尔摩斯迷杀人事件(前篇) (出现服部平次)
058福尔摩斯迷杀人事件(后篇) (出现服部平次)
077柯南VS怪盗基德★ (出现怪盗基德)
078名门连续惨死事件（前篇）(出现服部平次)
079名门连续惨死事件（后篇）(出现服部平次)
117推理小说家失踪事件(后篇) (出现服部平次)
118浪花连续杀人事件★(出现服部平次)
128黑衣组织10亿元抢劫事件(出现黑衣组织)
129来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★(出现黑衣组织)
132魔术爱好者杀人事件(事件篇) (出现怪盗基德)
133魔术爱好者杀人事件(疑惑篇) (出现怪盗基德)
134魔术爱好者杀人事件(解决篇) (出现怪盗基德)
141结婚前夜密室事件(前篇) (出现服部平次)
142结婚前夜密室事件(后篇) (出现服部平次)
162飞天密室 工藤新一最初的事件★(工藤新一以本人形象出现)
166鸟取县蜘蛛公馆的怪事(事件篇) (出现服部平次)
167鸟取县蜘蛛公馆的怪事(疑惑篇) (出现服部平次)
168鸟取县蜘蛛公馆的怪事(解决篇) (出现服部平次)
174二十年的杀意 圣佛尼号连续杀人事件★(出现服部平次)
176与黑暗组织的再会(灰原篇) (出现黑衣组织)
177与黑暗组织的再会(柯南篇) (出现黑衣组织)
178与黑暗组织的再会(解决篇) (出现黑衣组织)
189危命的复活 负伤之下的名侦探(出现服部平次)
190危命的复活 第三个选择(出现服部平次)
191危命的复活 黑衣骑士(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
192危命的复活 新一回来了(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
193危命的复活 约定的场所(工藤新一以本人形象出现)
219被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★(工藤新一以本人形象出现)/(出现怪盗基德)
221满口谎言的委托人(后篇)(出现服部平次)
222人鱼失踪记(事件篇) (出现服部平次)
223人鱼失踪记(推理篇) (出现服部平次)
224人鱼失踪记(解决篇) (出现服部平次)
226格斗游戏的陷阱(前篇) (出现FBI)
227格斗游戏的陷阱(后篇) (出现FBI)
230谜一样的乘客(前篇) (出现黑衣组织)/(出现FBI)
231谜一样的乘客(后篇) (出现黑衣组织)/(出现FBI)
238大阪3K事件(前篇) (出现服部平次)
239大阪3K事件(后篇) (出现服部平次)
240新干线护送事件(前篇) (出现服部平次)
254本厅刑事恋爱物语4(后篇)(出现FBI)
258来自芝加哥的男子(前篇)(出现FBI)
259来自芝加哥的男子(后篇)(出现FBI)
263大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★(出现服部平次)
267情人节的真实(推理篇)(出现FBI)
270犯罪的遗物 (后篇)(出现FBI)
271急忙掩饰的忽略(前篇)(出现FBI)
272急忙掩饰的忽略(后篇)(出现黑衣组织)/(出现FBI)
274幽灵屋的真相(前篇) (出现黑衣组织)
277英语教师VS西部名侦探(前篇)(出现FBI)/(出现服部平次)
278英语教师VS西部名侦探(后篇)(出现FBI)/(出现服部平次)
284中华街 雨中的似曾相识(前篇)(出现FBI)
286工藤新一纽约事件(事件篇)(出现黑衣组织)/(工藤新一以本人形象出现)
287工藤新一纽约事件(推理篇)(出现黑衣组织)/(工藤新一以本人形象出现)
288工藤新一纽约事件(解决篇)(出现黑衣组织)/(工藤新一以本人形象出现)/(出现FBI)
289迷惘森林中的光彦(前篇) (出现黑衣组织)
290迷惘森林中的光彦(后篇) (出现黑衣组织)
291孤岛的公主与龙宫城(事件篇)(出现服部平次)
292孤岛的公主与龙宫城(追求篇)(出现服部平次)
293孤岛的公主与龙宫城(解决篇)(出现服部平次)
307无声的证据（前篇）(出现黑衣组织)
308无声的证据（后篇）(出现黑衣组织)/(出现FBI)
309与黑暗组织的接触（交涉篇）(出现黑衣组织)/(出现FBI)
310与黑暗组织的接触（追踪篇）(出现黑衣组织)
311与黑暗组织的接触（决死篇）(出现黑衣组织)/(出现FBI)
323一筹莫展的服部平次(前篇)(出现服部平次)
324一筹莫展的服部平次(后篇)(出现服部平次)
325火焰中的红马(事件篇)(出现服部平次)
326火焰中的红马(搜索篇)(出现服部平次)
327火焰中的红马(解决篇)(出现服部平次)
335东京现影所的秘密(前篇)(出现FBI)
336东京现影所的秘密(后篇)(出现FBI)
338四辆保时捷(前篇)(出现FBI)
339四辆保时捷(后篇)(出现FBI)/(出现黑衣组织)
340厕所里隐藏的秘密(前篇)(出现黑衣组织)
341厕所里隐藏的秘密(后篇)(出现黑衣组织)
343便利店的陷阱(前篇)(出现FBI)
344便利店的陷阱(后篇)(出现FBI)
345与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★(出现FBI)/(出现黑衣组织)/(出现服部平次)
346寻找屁股上的印记(前篇)(出现FBI)
347寻找屁股上的印记(后篇)(出现FBI)
356怪盗基德的惊异空中步行★(出现怪盗基德)
362帝丹高中的学校怪谈(后篇)(出现FBI)
381谁的推理秀(前篇)(出现服部平次)
382谁的推理秀(后篇)(出现服部平次)
383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★(出现服部平次)
394怪屋大冒险(封印篇)(出现怪盗基德)
395怪屋大冒险(操纵篇)(出现怪盗基德)
396怪屋大冒险(解决篇)(出现怪盗基德)
400心存疑惑的小兰(工藤新一以本人形象出现)
406柯南和平次的推理魔术(装置篇)(出现服部平次)
407柯南和平次的推理魔术(公馆篇)(出现服部平次)
408柯南和平次的推理魔术(解决篇)(出现服部平次)
425黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间★(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
429无法归来的二人(前篇) (出现CIA)
437上户彩和新一 4年前的约定◆(工藤新一以本人形象出现)
462黑暗组织的影子 年幼的目击者(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
464黑暗组织的影子 谜样的高额报酬(出现黑衣组织)
465黑暗组织的影子 珍珠的流星(出现黑衣组织)
469怪盗KID与四幅名画(前篇)(出现怪盗基德)
470怪盗KID与四幅名画(后篇)(出现怪盗基德)
472工藤新一少年的冒险(前篇)(工藤新一以本人形象出现)/(出现怪盗基德)
473工藤新一少年的冒险(后篇)(工藤新一以本人形象出现)/(出现怪盗基德)
479和服部平次在一起的3天★(出现服部平次)/(出现CIA)
484黑色照片的去向（前篇）(出现黑衣组织)/(出现服部平次)
485黑色照片的去向（后篇）(出现黑衣组织)/(出现CIA)
490服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决★(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
491红与黑的碰撞 开端(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现服部平次)/(出现CIA)
492红与黑的碰撞 血缘(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
493红与黑的碰撞 绝叫(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
494红与黑的碰撞 冥土(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
495红与黑的碰撞 昏睡(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
496红与黑的碰撞 侵入(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
497红与黑的碰撞 觉醒(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
498红与黑的碰撞 搅乱(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
499红与黑的碰撞 伪装(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
500红与黑的碰撞 遗言(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
501红与黑的碰撞 嫌疑(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
502红与黑的碰撞 洁白(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
503红与黑的碰撞 决死(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
504红与黑的碰撞 殉职(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
509红白黄色与侦探团(出现FBI)/(出现CIA)
515怪盗KID的瞬间移动魔术★(出现服部平次)/(出现怪盗基德)
516风林火山 迷宫的铠甲武士★(出现服部平次)
517风林火山 阴和雷霆的对决(出现服部平次)
521杀人犯、工藤新一★(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
522新一的真面目与兰的眼泪★(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
523真正想问的事(出现服部平次)/(工藤新一以本人形象出现)
524令人憎恨的蓝色火花（前篇）(出现服部平次)
537怪盗基德VS最强金库（前篇）(出现怪盗基德)
538怪盗基德VS最强金库（后篇）(出现怪盗基德)
554鹳的探索之旅(搜索兰篇)(出现服部平次)◆
555鹳的探索之旅(追踪阳菜篇)(出现服部平次)◆
563侦探团VS强盗团(骚乱)(出现FBI)/(出现CIA)
564侦探团VS强盗团(沉默)(出现FBI)
572妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）(出现服部平次)
573难为情的护身符的去向（前篇）(出现服部平次)
574难为情的护身符的去向（后篇）(出现服部平次)
578召唤危机的红色凶兆(出现FBI)
579黑与13的暗示(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
580逼近黑色时刻(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
581红色的摇摆目标(出现黑衣组织)/(出现FBI)/(出现CIA)
586消失在黑暗中的麒麟之角(出现怪盗基德)
587怪盗基德VS四神侦探团(出现怪盗基德)
610被害者是工藤伸壹（新一和伸壹的日语读法是一样的）(出现服部平次)
611犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章）(出现服部平次)
612犬伏城 炎之魔犬（足迹之章）(出现服部平次)
613犬伏城 炎之魔犬（公主之章）(出现服部平次)
616福尔摩斯的启示录（名侦探的弟子）(工藤新一以本人形象出现)
617福尔摩斯的启示录（Love Is 0）(工藤新一以本人形象出现)
618福尔摩斯的启示录（撒旦）(工藤新一以本人形象出现)
621福尔摩斯的启示录（0 is start）(工藤新一以本人形象出现)本回答被提问者采纳
048 外交官杀人事件(上集)
049 外交官杀人事件(下集)
第2次：黑衣骑士好帅额。。。
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三个选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
第3次：521 杀人犯 工藤新一★
522 新一的真实身份 小兰的眼泪★
523 真正想问的事
柯南变回新一，救了小兰
第4次：616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0）
618 福尔摩斯的默示录（撒旦）
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start）
柯南变回新一并向小兰表白~~~
另外，还有剧场版7《迷宫十字路口》，柯南吃了灰原制作的解药变回了新一
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所 为了消除小兰的疑惑，吃了灰原哀的解药。
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真实身份 小兰的眼泪
523 真正想问的事 出错感冒药，变成了大人。
616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子）
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0）
618 福尔摩斯的默示录（撒旦）
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start） 我也不知道为什么……
剧场版7《迷宫十字路口》 柯南为了救人，吃了灰原制作的解药变回了新一。
同样是柯南迷，希望答案对你有用！
049 外交官杀人事件(后篇)（重感冒后喝下平次带来的白干酒变大）
118 浪花连续杀人事件（平次的梦－－工藤被袭击）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过，但结尾就过了）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮&.回忆）
382 谁的推理秀(后篇） （服部回忆外交官杀人事件工藤说的话）
472 少年工藤新一的冒险(前篇)
473 少年工藤新一的冒险 (后篇)
490 工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（中学时候，推理部分最好看）
517 风林火山 阴和雷霆的对决（远影）
521 杀人犯、工藤新一（以其身份登场的是个整容的犯人，真人开始是柯南，之后化妆成死罗神）
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
524 憎恶的蓝色火花(前篇) （开头一些提到了）
OVA版
OVA1 柯南VS基德VS阿剑！宝刀争夺大作战（做梦中变回原来的样子）
OVA9 十年后的陌生人（变大之后的幻想）
剧场版：
2003 迷宫的十字路口 （回忆、变回来的&.远影）
剧场特典：
剧场版12特典：工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
【ps：楼上几位说的是把假扮和幻想都写上了，其实真正出现新一的不多】