北京治疗男性疾病比较好的医院有北京大学第三医院、北京协和医院等。
解释：
一、专业性与口碑
北京大学第三医院在男性疾病治疗领域具有较高的专业性和良好的口碑。该医院拥有一支经验丰富、技术精湛的专家团队，针对不同男性疾病提供个性化的诊疗方案。医院设施设备先进，医疗服务质量高，受到广大患者的好评。
二、综合医疗实力
北京协和医院在男性疾病治疗方面也有较高的综合实力。该医院拥有一支专业的男科团队，具备丰富的临床经验和先进的诊疗技术。同时，协和医院在科研方面也取得了显著成果，能够为患者提供更为全面和深入的医疗服务。
三、其他值得推荐的医院
除了上述两家医院，北京市还有其他多家医院在男性疾病治疗方面表现优秀，如北京天坛医院、北京中医药大学东直门医院等。这些医院也具备较高的专业性和医疗实力，能够为患者提供高质量的医疗服务。
四、个人化建议
在选择医院时，患者应根据自身病情、需求以及医院的实际情况进行综合考虑。可以先咨询医生或亲友的建议，然后到医院实地考察，了解医院的设施、医生的专业性以及服务态度等方面，最终选择适合自己的医院进行治疗。同时，也要注意到正规医疗机构就诊，以确保医疗质量和安全。